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swordzj858至尊木虫 (著名写手)
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【求助】autodock4.0的计算结果问题
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请教各位，我用autodock4.0做对接得到的结果打开后发现配体分子和受体分子根本不在一起，距离好远，请问这是什么原因呢？我在做对接时主要有以下几点不太确定：（1）Ligand-Torsion Tree-Set Number of Torsions moving中原子数目的确定，是选fewest atoms还是most atoms，具体如何确定？ （2）受体分子中柔性氨基酸残基选择的原则是什么？ （3）Geid box中的参数如何确定？具体是一：nuber of poits; 二：Center Grid Box;三：Center及View菜单中如何选择？ 请各位高手不吝赐教，非常感激。 |
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对接后不在一起可能是你的grid的center不在蛋白上，请在准备grid的过程中确认这一点；另外你看看后面的几个pose是否也是距离蛋白很远，因为读入的第0个构象是初始构象，如果不是原有结合的配体的话，是有可能距离蛋白很远的。 第一个问题我不太清楚，第二个选择柔性残基的原则主要是根据文献，如果文献没有提及，你可以试着把口袋周围的残基全部选择为柔性，但是计算量会大大增加，而且结果不一定好。最好是能够根据实验或者文献选择。 第三个问题，grid的点的数目越多，对于能量计算的结果越精确，但是相应的，计算量越大；Center Grid Box是要求输入你的grid box的中心坐标值，一般选择口袋中心或者已有结合配体的中心。具体可以在Center菜单中设定，pick an atom是已选择的原子位置作为中心，以下分别是选择配体中心，受体蛋白中心以及已知名称的原子位置作为盒子中心。建议是如果你有结合的配体的文件，读入然后选择这个配体的中心；没有结合配体的话，选择口袋的某个残基的原子也可以。 |
2楼2008-07-31 20:59:21
swordzj858
至尊木虫 (著名写手)
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你可以把原来的配体单独提取出来保存，并且也读入进来，这样选择的时候只要选择center on ligand，然后选择这个原来的配体就行，选择之后x,y,z会自动变为配体的中心值。 口袋中心并不是受体中心，如果你知道口袋的大致位置的话，可以选择center on picked atom，然后选择口袋附近的某个残基的某个原子（最好是离口袋近的），选择之后x,y,z会自动变为这个选择的原子的位置。 number of points默认为40，改变该值的时候图形界面上的box区域会有改变，设定值至少要保证box完全包括整个口袋。 |
4楼2008-08-01 18:12:10
gwdavid
木虫 (著名写手)
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楼上正解。 对于你的第一个问题，其实这三个指的都是一个问题，那就是小分子的柔性，在autodock中，小分子的柔性主要取决于这个所谓的torsions(即rotatable bonds)，默认情况下，autodock选择所有的可旋转键作为柔性进行计算，如果你敢确定哪个键的旋转不起作用或是不重要，那么你就可以在set torsions的设定中重新点击设定哪一个不让他旋转，一般来说，不要轻易的去改变这个，除非很了解很确定。 至于你说的fewest和most，我自己做的因为都单体对接，所以时间不是问题，最多也就一天吧，当然选most atoms了，其实都是定义的配体柔性 |
5楼2008-08-01 18:22:22
30