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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » CODEHOP简并引物结果怎么看
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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草蔻年华

新虫 (小有名气)

[交流] CODEHOP简并引物结果怎么看 已有5人参与

利用CODEHOP设计简并引物后给出的结果是这样的：5'-TCTCCGGCGGCcayntnaaycc-3'，我想知道这就是简并引物吗？后面那一串小写的字母是什么意思？要是合成引物的话就这么写吗？
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1楼 2015-06-30 16:21:42
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竹砚

铜虫 (小有名气)
★
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引用回帖:
13楼: Originally posted by louis_cheung at 2015-10-15 17:39:20
(⊙o⊙)…你这也太···太···
简并碱基也太多了吧？？还是平均分布的···
通常一条引物所含简并碱基一般不超过3~4个吧，这样PCR效果通常比较好~~如果简并碱基太多的话，尽量放在中间，至少远离3'端吧~~
例 ...

另一对：
>F-b6    5'-GATGTGCAGAAAGGATGGATTACTytngartayga-3'
                                                 degen=32  temp= 60.7
>R-f3    5'-TGAAAATCTGTTTCTGGAATATCTggntcryarca-3'
                                                degen=32  temp= 61.8
这两对引物的上游是一样的。今天试了一下 F-b6,R-e3那一对引物的梯度，没有出现条带。不过用的是rTaq酶，实验室目前没有高保真酶。
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记得心中的那个梦。
15楼2015-10-20 16:59:35
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草蔻年华

新虫 (小有名气)
有虫友帮忙解答一下吗？
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2楼2015-06-30 16:36:31
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
后面小写的表示该段中有简并碱基，其中Y、N就是简并碱基，合成引物时直接可以这样写。
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草蔻年华
4楼2015-06-30 18:59:37
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匿名

用户注销 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
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5楼2015-07-01 00:29:40
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