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草蔻年华

新虫 (小有名气)

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[交流] CODEHOP简并引物结果怎么看已有5人参与

利用CODEHOP设计简并引物后给出的结果是这样的：5'-TCTCCGGCGGCcayntnaaycc-3'，我想知道这就是简并引物吗？后面那一串小写的字母是什么意思？要是合成引物的话就这么写吗？

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1楼 2015-06-30 16:21:42

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

竹砚

铜虫 (小有名气)

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专业: 发育生物学

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引用回帖:

13楼: Originally posted by louis_cheung at 2015-10-15 17:39:20
(⊙o⊙)…你这也太···太···
简并碱基也太多了吧？？还是平均分布的···
通常一条引物所含简并碱基一般不超过3~4个吧，这样PCR效果通常比较好~~如果简并碱基太多的话，尽量放在中间，至少远离3'端吧~~
例 ...

您是用普通PCR还是Touchdown PCR做的呢？我自己用codehop设计了几对引物，能不能麻烦您帮忙看一下，谢谢了~

>F-b6 5'-GATGTGCAGAAAGGATGGATTACTytngartayga-3'
                                             degen=32  temp= 60.7
>R-e3 5'-AGGATCATCAATATCCAGTTCAATAaaytcnaccca-3'
                                             degen=8 temp= 60.3