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swordzj858至尊木虫 (著名写手)
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【求助】autodock4.0中受体文件的准备
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| 请教各位高手，在用autodock4.0进行对接时，在受体文件的准备工作中发现从Protein Data Bank中下载的蛋白质pdb文件通常含有金属离子（如Mg），SO4等，请问应该如何处理，另外在Grid Box中的参数设定的原则是什么？请大家不吝赐教。 |
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swordzj858(金币+4,VIP+0):非常感谢
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useing autodock4 with ADT a tutorial.pdf 上面有一步一步的教程 autodock 网站上有的下载， google上也能搜索得到吧 1 用ADT 或者sybyl,ds2, viewerPro ,pymol或者 干脆editplus 删掉水分子和离子如 SO4 和你配体分子 2 grid box 一般以配体为中心吧， center on the ligand 好像， 然后 三个 方向 个 60 格点一般， 要包含配体，可以根据蛋白口袋形状和配体大小具体调整某一方向的大小， 间距 spacing 0.375 angstron 默认就行 |
2楼2008-07-31 13:31:17