应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 通过SCAN二面角寻找顺反异构过渡态初值，但搜索过程中两个原子重合了，求助？
81/1返回列表
查看: 2173  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

luckyyjjun

铁虫 (正式写手)

[求助] 通过SCAN二面角寻找顺反异构过渡态初值，但搜索过程中两个原子重合了，求助？ 已有1人参与

研究顺-2-丁烯异构化为反-2-丁烯的过程，通过scan连接双击的二面角研究二面角在旋转过程中体系能量的变化，从而确定过渡态。但是scan完毕后发现二面角并不按照预想的方式旋转，而且体系能量一直上升。输入文件如下：
%nprocshared=2
%chk=D:\gaussian work\2-Butene\SCAN-CIS-2-BUTENE.chk
#p scan rhf/3-21g geom=connectivity

Title Card Required

0 1
C              
C                  1            B1
H                  1            B2    2            A1
H                  1            B3    2            A2    3            D1    0
H                  1            B4    2            A3    3            D2    0
C                  2            B5    1            A4    5            D3    0
H                  2            B6    1            A5    6            D4    0
C                  6            B7    2            A6    1            D5    0
H                  6            B8    2            A7    1            D6    0
H                  8            B9    6            A8    2            D7    0
H                  8           B10    6            A9    2            D8    0
H                  8           B11    6           A10    2            D9    0

   B1             1.51006675
   B2             1.08611348
   B3             1.08606428
   B4             1.08361226
   B5             1.31642102
   B6             1.07705901
   B7             1.51006683
   B8             1.07705894
   B9             1.08611778
   B10            1.08605894
   B11            1.08361220
   A1           110.76697387
   A2           110.77291043
   A3           111.18065053
   A4           124.74935835
   A5           115.77071885
   A6           124.74934680
   A7           119.47973594
   A8           110.77227638
   A9           110.76759964
   A10          111.18063418
   D1           119.11929795
   D2          -120.43449957
   D3             0.03524097
   D4           179.85821986
   D5          -179.98790130 170 1.0
   D6            -0.13517961
   D7           120.33408082
   D8          -120.54663055
   D9            -0.10348842

1 2 1.0 3 1.0 4 1.0 5 1.0
2 6 2.0 7 1.0
3
4
5
6 8 1.0 9 1.0
7
8 10 1.0 11 1.0 12 1.0
9
10
11
12
回复此楼

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : SCAN-CIS-2-BUTENE.LOG
    • 2015-06-29 16:28:17, 2.78 M

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2015-06-29 16:29:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

oinkmasta

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
按理不该有原子重合呀，我猜确实是“二面角不按照预想的方式旋转”。
2-butene很小的，用opt=modredundant做个柔性扫描好了。（记得加扫描的那一行）
赞一下 回复此楼
16届本科在北美
2楼2015-06-30 04:13:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

luckyyjjun

铁虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by oinkmasta at 2015-06-30 04:13:19
按理不该有原子重合呀，我猜确实是“二面角不按照预想的方式旋转”。
2-butene很小的，用opt=modredundant做个柔性扫描好了。（记得加扫描的那一行）

柔性扫描不行
回复此楼
3楼2015-07-01 01:02:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

keyares

铁杆木虫 (著名写手)
我最近也在做这个实验。寻找s顺反的过渡态。我先锁定二面角为90度优化。然后计算过渡态。然后频率计算得到一个虚频。不过我用的是半经验的方法

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
4楼2015-07-01 14:12:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

keyares

铁杆木虫 (著名写手)
键在旋转的过程中双键的键长和能量也会发生变化。我觉得找过渡态的策略上要改变一下。

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
5楼2015-07-01 14:15:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

luckyyjjun

铁虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by keyares at 2015-07-01 14:12:49
我最近也在做这个实验。寻找s顺反的过渡态。我先锁定二面角为90度优化。然后计算过渡态。然后频率计算得到一个虚频。不过我用的是半经验的方法

我也用半经验方法试了，不行。
程序如下：
%nprocshared=2
%chk=D:\gaussian work\2-Butene\CIS-2-BUTENE-TS.chk
#p opt=(calcfc,ts,noeigentest,maxcyc=3000,cartesian) freq rpm6
geom=connectivity scf=(maxcycle=80,xqc)

Title Card Required

0 1
C                  0.85981660    0.26633472    0.29759703
C                  0.00000000    0.00000000    1.51006675
H                  1.84964764   -0.16195713    0.42582765
H                  0.42355429   -0.18230630   -0.59005833
H                  0.96999023    1.32988965    0.12173282
C                 -0.54848238    0.93226383    2.26041036
H                 -0.15986243   -1.03727483    1.75206062
C                  0.10207083    1.55465287    3.47272807
H                 -1.53094902    1.29962133    2.01573968
H                  0.21055182    2.62758373    3.34348771
H                 -0.50308362    1.39324338    4.36000429
H                  1.08432899    1.13275976    3.64990172

1 2 1.0 3 1.0 4 1.0 5 1.0
2 6 2.0 7 1.0
3
4
5
6 8 1.0 9 1.0
7
8 10 1.0 11 1.0 12 1.0
9
10
11
12
赞一下 回复此楼
6楼2015-07-01 23:00:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

keyares

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by luckyyjjun at 2015-07-01 23:00:20
我也用半经验方法试了，不行。
程序如下：
%nprocshared=2
%chk=D:\gaussian work\2-Butene\CIS-2-BUTENE-TS.chk
#p opt=(calcfc,ts,noeigentest,maxcyc=3000,cartesian) freq rpm6
geom=connectivity scf=(m ...

半经验用来排错用的。不过我用的gamess。

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
7楼2015-07-01 23:16:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

我药上岸

新虫 (小有名气)
你好，这个过渡态你算出来了吗？我最近也在做这方面的研究
发自小木虫手机客户端
赞一下 回复此楼
8楼2025-03-31 10:14:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 luckyyjjun 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭