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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » 【求助】用SYBYL7.3的FlexX做分子对接！（请大侠们不吝赐教，不胜感激）
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weier1980

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】用SYBYL7.3的FlexX做分子对接！（请大侠们不吝赐教，不胜感激）

按Docking suite Manual——Single Molecule Docking with FlexX操作时，做到2.2.3 Check and Modify the Ligand's Atom and Bond Types的 2.One problem remains：the carbonyl group should be a C-OH group.This modification must be done manually.项下的Select the 2 atoms in the carbonyl group and press OK in the dialog.步骤时，不知如何操作（该选哪两个原子，最好能指出选择依据和原子符号，请各位大侠不吝赐教，帮我一把，不胜感激）。
    随便选择原子或忽略上步骤时，按下一步骤Specify the new atom types as follows:carbon:C3 and press OK.oxygen:O3 and press OK.会弹出对话框 Atoms outside of the ligand seleced. Please select only atoms in the ligand.请问问题究竟出在哪里，请各位大侠白忙之中不吝赐教，不胜感激！

[ Last edited by zzgyb on 2008-7-31 at 08:19 ]
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1楼 2008-07-30 11:21:32
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xxffliu

铜虫 (小有名气)
★ ★
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
先说一下，我没有做过这个tutorial，但是根据你的描述，应该是要把羰基的C和O的类型改为C.3和O.3，你看看你的分子当中是否存在羰基，然后选中羰基C和O试试。
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2楼2008-07-31 20:48:24
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ky96998

金虫 (小有名气)
★ ★
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
问题是这样的，sybyl识别配体分子的原子类型时有时会出错，本来应该是-COH-的，由于把原子类型搞错了变成了你看见的-CO-了，-COH-的碳是SP3杂化，而O是SP3杂化，-CO-的碳和氧是SP2杂化，所以必须将-CO-的碳和氧都改成SP3杂化的C.3和O.3，那么羰基就自动修改成-COH-了。
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3楼2008-08-01 01:20:55
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weier1980

木虫 (小有名气)

谢谢xxffliu和ky96998，还想请教一下，呵呵

谢谢xxffliu和ky96998两位大侠的仗义相助，不胜感激！
   另外，还有个问题想在请教一下，是不是在做这部操作时，必须将分子中的全部的羰基C和O选中，改成sp3杂化的形式（直链上的羰基和环上的羰基都选吗？）。
   在用FlexX做分子对接时，是不是必须进行这步操作，可以省略这步吗，本步骤操作错误，对对接结果的影响是什么？
   分子对接时配体文件的格式必须是mol2文件吗？为什么我进行对接时将对接配体改为自己划的sdf配体时（原受体参数不改变），却没有对接结果呢？
    请大侠们百忙之中不吝赐教，为我解惑，谢谢了！
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4楼2008-08-01 12:18:01
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xxffliu

铜虫 (小有名气)
★ ★
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
我看了一下mannul，由于你读入的是PDB分子，而PDB一般是没有指定杂化状态的，所以sybyl只能“猜”每个原子可能的mol2类型。所以，首先要明确配体的二维结构，然后把sybyl识别错的羰基改为羟基类型就行，不必每个都改。
这步修改很重要，否则一个氢键给体就被当成受体了，结果当然不可能准确了。
配体最好是mol2类型，因为sybyl对mol2支持最好，sdf最好先转成mol2。
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5楼2008-08-01 18:06:19
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