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weier1980

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】用SYBYL7.3的FlexX做分子对接!(请大侠们不吝赐教,不胜感激)

按Docking suite Manual——Single Molecule Docking with FlexX操作时,做到2.2.3 Check and Modify the Ligand's Atom and Bond Types的 2.One problem remains:the carbonyl group should be a C-OH group.This modification must be done manually.项下的Select the 2 atoms in the carbonyl group and press OK in the dialog.步骤时,不知如何操作(该选哪两个原子,最好能指出选择依据和原子符号,请各位大侠不吝赐教,帮我一把,不胜感激)。
    随便选择原子或忽略上步骤时,按下一步骤Specify the new atom types as follows:carbon:C3 and press OK.oxygen:O3 and press OK.会弹出对话框 Atoms outside of the ligand seleced. Please select only atoms in the ligand.请问问题究竟出在哪里,请各位大侠白忙之中不吝赐教,不胜感激!

[ Last edited by zzgyb on 2008-7-31 at 08:19 ]
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xxffliu

铜虫 (小有名气)

★ ★
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与,欢迎再次光临计算模拟版!
先说一下,我没有做过这个tutorial,但是根据你的描述,应该是要把羰基的C和O的类型改为C.3和O.3,你看看你的分子当中是否存在羰基,然后选中羰基C和O试试。
2楼2008-07-31 20:48:24
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ky96998

金虫 (小有名气)

★ ★
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与,欢迎再次光临计算模拟版!
问题是这样的,sybyl识别配体分子的原子类型时有时会出错,本来应该是-COH-的,由于把原子类型搞错了变成了你看见的-CO-了,-COH-的碳是SP3杂化,而O是SP3杂化,-CO-的碳和氧是SP2杂化,所以必须将-CO-的碳和氧都改成SP3杂化的C.3和O.3,那么羰基就自动修改成-COH-了。
3楼2008-08-01 01:20:55
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weier1980

木虫 (小有名气)

谢谢xxffliu和ky96998,还想请教一下,呵呵

谢谢xxffliu和ky96998两位大侠的仗义相助,不胜感激!
   另外,还有个问题想在请教一下,是不是在做这部操作时,必须将分子中的全部的羰基C和O选中,改成sp3杂化的形式(直链上的羰基和环上的羰基都选吗?)。
   在用FlexX做分子对接时,是不是必须进行这步操作,可以省略这步吗,本步骤操作错误,对对接结果的影响是什么?
   分子对接时配体文件的格式必须是mol2文件吗?为什么我进行对接时将对接配体改为自己划的sdf配体时(原受体参数不改变),却没有对接结果呢?
    请大侠们百忙之中不吝赐教,为我解惑,谢谢了!
4楼2008-08-01 12:18:01
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xxffliu

铜虫 (小有名气)

★ ★
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与,欢迎再次光临计算模拟版!
我看了一下mannul,由于你读入的是PDB分子,而PDB一般是没有指定杂化状态的,所以sybyl只能“猜”每个原子可能的mol2类型。所以,首先要明确配体的二维结构,然后把sybyl识别错的羰基改为羟基类型就行,不必每个都改。
这步修改很重要,否则一个氢键给体就被当成受体了,结果当然不可能准确了。
配体最好是mol2类型,因为sybyl对mol2支持最好,sdf最好先转成mol2。
5楼2008-08-01 18:06:19
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