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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » [求助]分子动力学优化结构的步骤
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bioinflab

银虫 (小有名气)

[交流] [求助]分子动力学优化结构的步骤

从文献上看到，利用同源模建预测蛋白质结构后，还需要做分子动力学优化。请问在做分子动力学之前需要做能量极小化吗？
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1楼 2008-07-27 23:00:03
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renwenpo

金虫 (小有名气)
★
zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
需要,在建模后进行最小化计算来优化结构和使能量最小化
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2楼2008-07-28 09:22:11
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bioinflab

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by renwenpo at 2008-7-28 09:22:
需要,在建模后进行最小化计算来优化结构和使能量最小化

拟按照下列步骤:：1、能量极小化，2、分子动力学，3、选取最低能量的构象再进行能量极小化。
请问，这样的步骤可以吗？
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3楼2008-07-28 18:48:20
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jilinjohn

至尊木虫 (著名写手)
你说的应该是标准步骤了 呵呵
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http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=696776&view=old
4楼2008-07-29 08:16:25
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anquren

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by renwenpo at 2008-7-28 09:22:
需要,在建模后进行最小化计算来优化结构和使能量最小化

还需要别的步骤吗?
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5楼2008-09-04 00:05:24
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chunwang

铜虫 (小有名气)
我有一点疑惑, 我在计算溶剂层和晶面的相互作用时,建好模型, 固定晶面, 然后1、能量极小化，2、分子动力学，3、选取最低能量的构象. 得到最低能量构象后作能量极小化以得到结合能, 这时的能量极小化晶面还需要固定吗? 请各位指点指点! 谢谢!
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6楼2008-09-04 09:48:14
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