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丫丫兮兮1991

新虫 (初入文坛)

[求助] 分子间氢键 已有1人参与

最近在算两个分子间氢键的键能，但在优化这两个分子体系的时候，老是出现L502错误，我觉得应该是这两个分子间的构型摆的不对，不知道大家有没有什么快速摆对分子构型的方法，急求呀！！！！！！
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1楼 2015-06-16 17:19:44
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zhou2009

版主 (著名写手)
要针对你的具体分子才能试摆。
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2楼2015-06-16 17:44:43
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kong890109

金虫 (小有名气)
gaussview 用刷子刷，用半经验方法先跑。
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3楼2015-06-16 22:13:19
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丫丫兮兮1991

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by kong890109 at 2015-06-16 22:13:19
gaussview 用刷子刷，用半经验方法先跑。

是在hyperchem里用半经验法优化嘛？

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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4楼2015-06-16 22:33:42
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kong890109

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 丫丫兮兮1991 at 2015-06-16 22:33:42
是在hyperchem里用半经验法优化嘛？
...

高斯里面的PM6就可以吧
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5楼2015-06-17 10:45:45
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丫丫兮兮1991

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by kong890109 at 2015-06-17 10:45:45
高斯里面的PM6就可以吧...

我试着用刷子（clean）试试，发现这个不太行，构型变化太大，有些原子挨着太近了
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6楼2015-06-17 11:44:42
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丫丫兮兮1991

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zhou2009 at 2015-06-16 17:44:43
要针对你的具体分子才能试摆。

那帮帮忙看看这个体系怎么摆，快被他们整疯了，整了将近一个月就没算成一个
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7楼2015-06-17 11:46:24
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zhou2009

版主 (著名写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 丫丫兮兮1991 at 2015-06-17 11:46:24
那帮帮忙看看这个体系怎么摆，快被他们整疯了，整了将近一个月就没算成一个...

12C-13O的距离高达1.55695，而且O处标一个‘+’，代表什么？
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8楼2015-06-17 17:14:07
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丫丫兮兮1991

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by zhou2009 at 2015-06-17 17:14:07
12C-13O的距离高达1.55695，而且O处标一个‘+’，代表什么？...

12C-13O是个羰基，可能是log文件在算的时候键没了，然后我保存为gjf时没注意看；“O处标一个‘+’”这个我不知道你是在哪看到的？是在超文本文件里嘛？
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9楼2015-06-17 20:07:53
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kong890109

金虫 (小有名气)
C                  4.81015400   -2.57142100   -1.71779900
H                  5.59885400   -2.18129200   -1.03773000
H                  5.33150000   -2.85150500   -2.65976100
C                  4.15456200   -3.12652200    1.36400700
N                  3.77108400   -1.70212200    1.21968000
C                  2.56698200   -1.14471200    1.68178100
O                  2.53437300    0.06421400    1.89500700
N                  1.40796300   -2.97350300    2.89764700
H                  0.87877000   -2.70235500    3.72892000
O                 -1.09794600   -4.19090000    0.96953000
H                 -1.52773700   -3.44238700    1.42582100
C                  3.82787700   -1.44763900   -2.05441500
O                  2.64191000   -1.56879900   -2.28988700
O                  4.49450000   -0.28680000   -2.11707000
H                  3.91605600    0.61287100   -2.23591800
N                  4.19089500   -3.77414800   -1.15497200
H                  3.76683900   -4.39480000   -1.84832200
C                  3.77330600   -4.00606300    0.15712800
O                  3.16188600   -5.05260500    0.35127100
C                  1.25083100   -1.93178000    1.83504900
H                  0.51215100   -1.15196900    2.14986000
C                  0.74944800   -2.62215400    0.55522700
H                  1.51078000   -2.63571800   -0.24708400
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H                  0.64604400   -4.82453700    0.23783400
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H                  5.13877100   -0.35574200    0.29859000
C                  5.68160900   -3.16287900    1.60756600
H                  6.21312000   -3.68063600    0.79181000
H                  5.90644600   -3.73648600    2.52212100
H                  3.61480500   -3.57164700    2.24187600
C                  5.01473100    3.61201100   -2.12329600
C                  4.14371000    2.95725600   -1.23620800
C                  4.30601700    3.09312000    0.15431000
C                  5.34207300    3.88692400    0.64766100
C                 -0.39043400    1.35227300   -1.86130000
C                  0.92255400    1.27803200   -2.15250200
C                 -4.57974200   -0.57688100   -0.13490800
C                 -5.02588600   -0.74153600   -1.46469500
C                 -4.56977300    0.15035100   -2.46404300
C                 -3.66031600    1.15127900   -2.14025200
C                 -3.67578600    0.43725800    0.17184500
C                 -3.18578000    1.29711300   -0.82545100
C                 -7.92355400   -4.56003900   -0.46724200
C                 -7.59459500   -3.37947600   -1.13553100
C                 -6.26549600   -2.91416500   -1.10623400
C                 -5.27495100   -3.64132600   -0.42443000
C                 -5.62649800   -4.81502200    0.24359800
C                 -6.94656600   -5.27804400    0.22877200
N                 -5.96239100   -1.72191300   -1.83126500
C                 -2.20785600    2.35921700   -0.48421500
C                 -0.94561300    2.40807600   -1.00135400
C                 -2.71091900    3.35912400    0.48729200
C                 -3.89037800    4.07387500    0.21170900
C                 -4.39826400    5.01535600    1.10727500
C                 -3.70822500    5.23969600    2.32894600
C                 -2.04148500    3.58680600    1.69841500
C                 -2.53663200    4.51307200    2.61427200
N                 -4.13370500    6.24725600    3.22472500
C                 -5.64510100    5.77696000    0.77832000
C                 -0.02911800    3.51616300   -0.70247800
C                  1.87888300    2.27022800   -1.62751400
N                  3.16141000    2.06660600   -1.77404900
C                  6.21056900    4.54592400   -0.22990400
C                  6.04427600    4.40515300   -1.61118500
C                  1.28355600    3.45904400   -0.99181800
H                  4.88574200    3.49613000   -3.19700000
H                  3.62828600    2.56374200    0.83034600
H                  5.47249200    3.99464400    1.72329000
H                 -1.08479100    0.60491600   -2.24939100
H                  1.33360300    0.46585700   -2.76086400
H                 -4.96607800   -1.22159900    0.65179300
H                 -4.92011000    0.04959400   -3.48804200
H                 -3.31014000    1.83285600   -2.91605200
H                 -3.35171500    0.57699800    1.20345200
H                 -8.95123800   -4.92020500   -0.48707900
H                 -8.36189100   -2.82113700   -1.66507200
H                 -4.23172900   -3.31641600   -0.43462700
H                 -4.85682000   -5.37791000    0.77157900
H                 -7.20990000   -6.19450700    0.75074800
H                 -6.42582400   -1.61253100   -2.72822200
H                 -4.41522000    3.88561100   -0.72517200
H                 -1.13038800    3.03442500    1.92880800
H                 -2.00434300    4.68377200    3.54739300
H                 -5.11683400    6.48010500    3.19881800
H                 -3.79718000    6.15685500    4.17396600
H                 -6.02997500    5.52622800   -0.21885500
H                 -6.45391400    5.56495800    1.49109900
H                 -5.46410200    6.86238100    0.78300300
H                 -0.46283000    4.40802900   -0.24508000
H                  7.01402800    5.16525500    0.16145800
H                  6.72092100    4.91572700   -2.29445100
H                  1.95594600    4.28664000   -0.76762200
这个体系太大，算了一步，没报错。
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10楼2015-06-18 08:49:48
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