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qli0218

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】用dmol进行过渡态搜索

我的课题是关于过渡态搜索的,用dmol。可是过程中有不少问题,希望大家能互相交流一下。

1.用dmol能不能模拟反应过程中键的断裂阿,一般生成反应过程的xtd文件不是基于反应物就是基于生成物,能不能从反应物到生成物阿,因为如果其中有键的变化(如碳碳叁键到碳碳双键)在其中显示不出来啊。
2.在过渡态搜索中能不能找到非基元反应的各个中间态阿?一般基元反应很难确定,可不可以由过渡态搜索验证自己假设的反应是不是基元反应?

谢谢
[search]dmol,过渡态搜索[/search]
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acridine

木虫 (正式写手)

★ ★ ★
qli0218(金币+1,VIP+0):谢谢
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与,欢迎再次光临计算模拟版!
问题比较偏化学,对这方面不太懂,比如说啥叫基元反应?
第一个问题可以说下看法:所谓的断键也是比较化学的概念,从物理角度就是电子分布的变化.这个完全可以用dmol来描述.
楼主大概是想在xtd文件中显示出断键的过程吧,个人认为这么做意义不是很大,因为这只是个显示的问题. 而究竟是否真的成键还是要分析电子结构以及电子分布
6楼2008-07-31 11:55:50
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qli0218

木虫 (小有名气)

没人知道么?

怎么没有回复阿,请各位大侠帮帮阿……
我还有一个问题:MS里可不可以画出金属元素和不饱和键的相互作用啊?用fragment browser里的Metal Templates只能画出边上原子的键和,可是我想画的是中间金属原子的。怎么弄啊?
谢谢了阿……
2楼2008-07-28 07:34:44
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goodman959


zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与,欢迎再次光临计算模拟版!
用DMOL做TS 软件技术尚不成熟,可以试试ADF或者GAUSS
3楼2008-07-28 15:53:37
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qli0218

木虫 (小有名气)

没人回答……

导师让我用dmol做过渡态搜索,现在看文献都是GAUSS的,我用dmol试了都比较困难。真的没有人在用么?有很多不明白的东西啊…………
4楼2008-07-30 07:05:56
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