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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【求助】用dmol进行过渡态搜索
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qli0218

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】用dmol进行过渡态搜索

我的课题是关于过渡态搜索的，用dmol。可是过程中有不少问题，希望大家能互相交流一下。

1．用dmol能不能模拟反应过程中键的断裂阿，一般生成反应过程的xtd文件不是基于反应物就是基于生成物，能不能从反应物到生成物阿，因为如果其中有键的变化（如碳碳叁键到碳碳双键）在其中显示不出来啊。
2．在过渡态搜索中能不能找到非基元反应的各个中间态阿？一般基元反应很难确定，可不可以由过渡态搜索验证自己假设的反应是不是基元反应？

谢谢
[search]dmol，过渡态搜索[/search]
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1楼 2008-07-26 14:05:49
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qli0218

木虫 (小有名气)

没人知道么？

怎么没有回复阿，请各位大侠帮帮阿……
我还有一个问题：MS里可不可以画出金属元素和不饱和键的相互作用啊？用fragment browser里的Metal Templates只能画出边上原子的键和，可是我想画的是中间金属原子的。怎么弄啊？
谢谢了阿……
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2楼2008-07-28 07:34:44
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goodman959

★
zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
用DMOL做TS 软件技术尚不成熟，可以试试ADF或者GAUSS
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3楼2008-07-28 15:53:37
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qli0218

木虫 (小有名气)

没人回答……

导师让我用dmol做过渡态搜索，现在看文献都是GAUSS的，我用dmol试了都比较困难。真的没有人在用么？有很多不明白的东西啊…………
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4楼2008-07-30 07:05:56
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qli0218

木虫 (小有名气)
晕，没人理我啊……
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5楼2008-07-31 11:03:10
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acridine

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
qli0218(金币+1,VIP+0):谢谢
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
问题比较偏化学,对这方面不太懂,比如说啥叫基元反应?
第一个问题可以说下看法:所谓的断键也是比较化学的概念,从物理角度就是电子分布的变化.这个完全可以用dmol来描述.
楼主大概是想在xtd文件中显示出断键的过程吧,个人认为这么做意义不是很大,因为这只是个显示的问题. 而究竟是否真的成键还是要分析电子结构以及电子分布
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6楼2008-07-31 11:55:50
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qli0218

木虫 (小有名气)

谢谢

但是能不能描述反应过程中电子转移的变化啊？在哪里能找到？谢谢
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7楼2008-08-02 10:22:02
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qli0218

木虫 (小有名气)

没人知道么?

挺急的啊，哪位大侠帮忙啊，导师让我把这个看差不多了才能回家，急啊……

另问：在input文件里有没有与过渡态搜索相对应的命令可以分析反应过程的变化啊？

还有PDOS可不可以分得再细一点阿，比如说我想看看2p甚至2p[x]的DOS图，能不能看啊？PDOS的原始数据或者画出图形所用到的其他数据能不能在out文件里打出来啊？

谢谢！
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8楼2008-08-05 07:44:50
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qli0218

木虫 (小有名气)

绝望………………
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9楼2008-08-07 07:31:12
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