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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » 【求助】autodock中torsional energy是什么？
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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doudouyan

[交流] 【求助】autodock中torsional energy是什么？

本人最近正在用 autodock 算结合自由能，有一个问题一直困扰：
     autodock 中的 torsional energy 感觉只与配体有关，一旦分子确定，好像这个能量就确定了，我只知道这个能量和能自由旋转的键有关，到底这个能量是怎么计算的，有与那些因素有关，一旦配体确定了，我们还可以怎样调整它的大小呢？
     请各位不啬赐教啊，本人无限感激......
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1楼 2008-07-23 00:25:33
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chemozhang

木虫 (正式写手)
只与你设定的可旋转键数目相关,与之成正比
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故地如重游月圆更寂寞
4楼2008-07-24 17:57:42
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wfeigo

新虫 (初入文坛)
★ ★
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
源程序里有：

torsFreeEnergy = (Real)ntorsdof * AD4.coeff_tors;

ntorsdof ：Number of torsional degrees of freedom
AD4.coeff_tors) ： Free energy coefficient for torsional degrees of freedom
就是分子的   旋转自由度 *  系数

系数是既定的，旋转自由度可以调的，在adt里小分子的 torsions 那个地方可以调整的
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2楼2008-07-24 13:15:48
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chemhz

铁杆木虫 (正式写手)
autodock中对于旋转能的计算是近似解。 该系数是来源于很多复合物结构的reproduce的拟合。 AD4中也考虑了位点中部分受体的侧链柔性， 同样，这一部分也包括旋转能。
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3楼2008-07-24 14:38:35
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