应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » 【求助】autodock中torsional energy是什么？
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
51/1返回列表
查看: 802  |  回复: 3
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

doudouyan

[交流] 【求助】autodock中torsional energy是什么？

本人最近正在用 autodock 算结合自由能，有一个问题一直困扰：
     autodock 中的 torsional energy 感觉只与配体有关，一旦分子确定，好像这个能量就确定了，我只知道这个能量和能自由旋转的键有关，到底这个能量是怎么计算的，有与那些因素有关，一旦配体确定了，我们还可以怎样调整它的大小呢？
     请各位不啬赐教啊，本人无限感激......
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2008-07-23 00:25:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chemozhang

木虫 (正式写手)
只与你设定的可旋转键数目相关,与之成正比
赞一下 回复此楼
故地如重游月圆更寂寞
4楼2008-07-24 17:57:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 4 个回答

wfeigo

新虫 (初入文坛)
★ ★
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
源程序里有：

torsFreeEnergy = (Real)ntorsdof * AD4.coeff_tors;

ntorsdof ：Number of torsional degrees of freedom
AD4.coeff_tors) ： Free energy coefficient for torsional degrees of freedom
就是分子的   旋转自由度 *  系数

系数是既定的，旋转自由度可以调的，在adt里小分子的 torsions 那个地方可以调整的
赞一下(10人) 回复此楼
2楼2008-07-24 13:15:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chemhz

铁杆木虫 (正式写手)
autodock中对于旋转能的计算是近似解。 该系数是来源于很多复合物结构的reproduce的拟合。 AD4中也考虑了位点中部分受体的侧链柔性， 同样，这一部分也包括旋转能。
赞一下 回复此楼
3楼2008-07-24 14:38:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 4 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 297求调剂 +10 ljy20040718！ 2026-04-03 11/550 2026-04-03 22:57 by linyelide
[考研] 考研调剂 +5 小sun要好运 2026-04-03 5/250 2026-04-03 21:43 by 啵啵啵0119
[考研] 085400电子信息319求调剂（接受跨专业调剂） +3 星星不眨眼喽 2026-04-03 4/200 2026-04-03 21:40 by liucky
[考研] 372分材料与化工（085600）一志愿湖南大学求调剂 +3 蓝笺片 2026-04-03 4/200 2026-04-03 17:58 by Jimmyandyou
[考研] 化学调剂 +9 艾志恒 2026-04-03 10/500 2026-04-03 15:51 by 晴空210210
[考研] 266分，求材料相关专业调剂 +13 哇呼哼呼哼 2026-03-30 15/750 2026-04-03 15:24 by arrow8852
[考研] 333求调剂 +9 wfh030413@ 2026-04-03 9/450 2026-04-03 14:20 by 啊俊！
[考研] 282求调剂 不挑专业 求收留 +7 Yam. 2026-03-30 8/400 2026-04-03 14:12 by zhangdingwa
[考研] 085501一志愿天工大，机械专硕求调剂，跨材料 +3 33上 2026-04-03 3/150 2026-04-03 14:08 by 1753564080
[考研] 一志愿华北电力大学（北京），材料科学与工程学硕265，求调剂 +9 yelck 2026-04-03 10/500 2026-04-03 13:20 by yelck
[考研] 325分化学调剂 +5 15771691647 2026-04-02 5/250 2026-04-03 09:58 by ChemPharm
[考研] 环境科学与工程334分求调剂 +7 王一一依依 2026-03-30 9/450 2026-04-02 21:15 by 1104338198
[考研] 346求调剂 +5 郑诚乐 2026-04-02 5/250 2026-04-02 16:38 by SZW_UJN
[考研] 298求B区调剂 +4 zzz，，r 2026-04-02 5/250 2026-04-02 12:17 by 土木硕士招生
[考研] 08生物与医药专硕初试346找调剂 +6 dianeeee 2026-04-01 7/350 2026-04-02 08:23 by guoweigw
[考研] 302求调剂一志愿北航070300，本科郑大化学 +8 圣日耳曼条 2026-04-01 11/550 2026-04-02 07:40 by chemdavid
[硕博家园] 博一被送出联培感觉不适应怎么办 +3 全村的狗 2026-03-31 3/150 2026-04-01 10:44 by 328838485
[考研] 材料工程专硕求调剂 +10 hyl3153942 2026-03-29 10/500 2026-03-31 16:31 by hypershenger
[考研] 08工科求调剂286 +5 tgs_001 2026-03-28 5/250 2026-03-31 08:18 by 一只好果子?
[考研] 293求调剂 +3 末未mm 2026-03-30 5/250 2026-03-30 17:23 by 王保杰33
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭