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doudouyan

[交流] 【求助】autodock中torsional energy是什么?

本人最近正在用 autodock 算结合自由能,有一个问题一直困扰:
     autodock 中的 torsional energy 感觉只与配体有关,一旦分子确定,好像这个能量就确定了,我只知道这个能量和能自由旋转的键有关,到底这个能量是怎么计算的,有与那些因素有关,一旦配体确定了,我们还可以怎样调整它的大小呢?
     请各位不啬赐教啊,本人无限感激......
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wfeigo

新虫 (初入文坛)

★ ★
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与,欢迎再次光临计算模拟版!
源程序里有:

torsFreeEnergy = (Real)ntorsdof * AD4.coeff_tors;

ntorsdof :Number of torsional degrees of freedom
AD4.coeff_tors) : Free energy coefficient for torsional degrees of freedom
就是分子的   旋转自由度 *  系数

系数是既定的,旋转自由度可以调的,在adt里小分子的 torsions 那个地方可以调整的
2楼2008-07-24 13:15:48
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chemhz

铁杆木虫 (正式写手)

autodock中对于旋转能的计算是近似解。 该系数是来源于很多复合物结构的reproduce的拟合。 AD4中也考虑了位点中部分受体的侧链柔性, 同样,这一部分也包括旋转能。
3楼2008-07-24 14:38:35
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chemozhang

木虫 (正式写手)

只与你设定的可旋转键数目相关,与之成正比
故地如重游月圆更寂寞
4楼2008-07-24 17:57:42
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