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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 【求助】gromacs的一个小问题
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foradun

[交流] 【求助】gromacs的一个小问题

gromacs生成的.gro文件的末尾一行有三个保留到小数点后5位的值，请问下这三个值代表什么意思，我将两个.gro文件合并成一个时，需要保留这一行吗？或是需要修改这一行吗？
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1楼 2008-07-22 17:38:19
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foradun

引用回帖:
Originally posted by panda_wendao at 2008-7-23 15:45:
合并之后用editconf重新输出一下会得到合适的盒子尺寸

非常感谢，谢谢小木虫的大侠们。
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5楼2008-07-23 17:32:44
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panda_wendao

金虫 (小有名气)
★ ★
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
这个是盒子的大小，需要有，但并不是要保留而应该根据实际情况计算，另外合并两个gro文件并不能直接进行，序号需要相应调整，所以要借助工具比如genconf，genbox命令。
网上还有些小工具可以做
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2楼2008-07-22 22:31:30
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foradun

非常感谢，我把两个gro在编辑器中合成一个的时候，如果保留这三个数值，会提示XX序号原子错误，所以不知道去掉后会不会有影响，非常感谢。
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3楼2008-07-23 14:09:32
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panda_wendao

金虫 (小有名气)
★
zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
合并之后用editconf重新输出一下会得到合适的盒子尺寸
赞一下(10人) 回复此楼
4楼2008-07-23 15:45:26
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