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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【30金求助】导出MS轨迹文件中原子坐标(随时间变化)数据，谢谢!!!
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lawnw

木虫 (小有名气)

[交流] 【30金求助】导出MS轨迹文件中原子坐标(随时间变化)数据，谢谢!!!

本人使用MS中的Discover模块对一表面吸附过程进行动力学模拟之后，得到一轨迹文件，现在想导出该文件中某个原子的坐标(XYZ)随时间(比如300ps)的变化的数据(虽然可以直观得到某一时刻的数据，但是这样工作量太大，不知道有没有简便的方式)，从而利用这些数据在Origin中作图，不知道在MS中如何导出这组数据，还望高手不吝指教，谢谢！

[ Last edited by zzgyb on 2008-7-21 at 15:46 ]
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1楼 2008-07-19 11:14:42
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harry_ll8228

★ ★
zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
lawnw(金币+1,VIP+0):鼓励一下！
先放到study table中 再逐个导出xsd为pdb的文件，用记事本打开
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4楼2008-07-21 14:29:06
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zplmff

新虫 (初入文坛)
★ ★
lawnw(金币+1,VIP+0):鼓励一下。
suntao1982(金币+1,VIP+0):xiexie
用File-Export-msi的格式可以导出坐标!
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我想我可以！
2楼2008-07-19 19:00:50
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lawnw

木虫 (小有名气)

回复

我试着用你给出的方法导出了msi文件，然后用记事本看了里面的内容，但是好像和我要的不一样，我是想要某一特定原子的坐标随时间的变化，因为在Dynamics中，该原子的坐标是随着时间改变的，不知道还有没有其他的方法。不过还是谢谢你。
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3楼2008-07-19 21:16:55
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lawnw

木虫 (小有名气)
我按照你说的办法，将xtd(动力学模拟轨迹文件，共500帧)导入到study table中，如果分别将其导出为pdb文件，那么还是需要很大的工作量，并且我只需要某一个特定原子的坐标，其他的不需要，(我做的体系中大概有7000多个原子)，可是按照你说的方法我把所有原子的坐标都得到了，不知道还有没有其他方法呢？
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5楼2008-07-21 15:46:59
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