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lawnw

木虫 (小有名气)

[交流] 【30金求助】导出MS轨迹文件中原子坐标(随时间变化)数据,谢谢!!!

本人使用MS中的Discover模块对一表面吸附过程进行动力学模拟之后,得到一轨迹文件,现在想导出该文件中某个原子的坐标(XYZ)随时间(比如300ps)的变化的数据(虽然可以直观得到某一时刻的数据,但是这样工作量太大,不知道有没有简便的方式),从而利用这些数据在Origin中作图,不知道在MS中如何导出这组数据,还望高手不吝指教,谢谢!

[ Last edited by zzgyb on 2008-7-21 at 15:46 ]
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harry_ll8228

★ ★
zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与,欢迎再次光临计算模拟版!
lawnw(金币+1,VIP+0):鼓励一下!
先放到study table中 再逐个导出xsd为pdb的文件,用记事本打开
4楼2008-07-21 14:29:06
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zplmff

新虫 (初入文坛)

★ ★
lawnw(金币+1,VIP+0):鼓励一下。
suntao1982(金币+1,VIP+0):xiexie
用File-Export-msi的格式可以导出坐标!
我想我可以!
2楼2008-07-19 19:00:50
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lawnw

木虫 (小有名气)

回复

我试着用你给出的方法导出了msi文件,然后用记事本看了里面的内容,但是好像和我要的不一样,我是想要某一特定原子的坐标随时间的变化,因为在Dynamics中,该原子的坐标是随着时间改变的,不知道还有没有其他的方法。不过还是谢谢你。
3楼2008-07-19 21:16:55
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lawnw

木虫 (小有名气)

我按照你说的办法,将xtd(动力学模拟轨迹文件,共500帧)导入到study table中,如果分别将其导出为pdb文件,那么还是需要很大的工作量,并且我只需要某一个特定原子的坐标,其他的不需要,(我做的体系中大概有7000多个原子),可是按照你说的方法我把所有原子的坐标都得到了,不知道还有没有其他方法呢?
5楼2008-07-21 15:46:59
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