24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 509  |  回复: 4
当前主题已经存档。
【有奖交流】积极回复本帖子,参与交流,就有机会分得作者 lawnw 的 28 个金币
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

lawnw

木虫 (小有名气)

[交流] 【30金求助】导出MS轨迹文件中原子坐标(随时间变化)数据,谢谢!!!

本人使用MS中的Discover模块对一表面吸附过程进行动力学模拟之后,得到一轨迹文件,现在想导出该文件中某个原子的坐标(XYZ)随时间(比如300ps)的变化的数据(虽然可以直观得到某一时刻的数据,但是这样工作量太大,不知道有没有简便的方式),从而利用这些数据在Origin中作图,不知道在MS中如何导出这组数据,还望高手不吝指教,谢谢!

[ Last edited by zzgyb on 2008-7-21 at 15:46 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

harry_ll8228

★ ★
zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与,欢迎再次光临计算模拟版!
lawnw(金币+1,VIP+0):鼓励一下!
先放到study table中 再逐个导出xsd为pdb的文件,用记事本打开
4楼2008-07-21 14:29:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答

zplmff

新虫 (初入文坛)

★ ★
lawnw(金币+1,VIP+0):鼓励一下。
suntao1982(金币+1,VIP+0):xiexie
用File-Export-msi的格式可以导出坐标!
我想我可以!
2楼2008-07-19 19:00:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lawnw

木虫 (小有名气)

回复

我试着用你给出的方法导出了msi文件,然后用记事本看了里面的内容,但是好像和我要的不一样,我是想要某一特定原子的坐标随时间的变化,因为在Dynamics中,该原子的坐标是随着时间改变的,不知道还有没有其他的方法。不过还是谢谢你。
3楼2008-07-19 21:16:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lawnw

木虫 (小有名气)

我按照你说的办法,将xtd(动力学模拟轨迹文件,共500帧)导入到study table中,如果分别将其导出为pdb文件,那么还是需要很大的工作量,并且我只需要某一个特定原子的坐标,其他的不需要,(我做的体系中大概有7000多个原子),可是按照你说的方法我把所有原子的坐标都得到了,不知道还有没有其他方法呢?
5楼2008-07-21 15:46:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料专硕初试分332一志愿西北工业大学, +12 故人?? 2026-04-09 12/600 2026-04-09 18:34 by Ccclqqq
[考研] 电子信息270求调剂 +11 terminal469 2026-04-07 11/550 2026-04-09 18:28 by hy861222
[考研] 266求调剂 +20 阳阳哇塞 2026-04-07 20/1000 2026-04-09 17:56 by vgtyfty
[考研] 复试调剂,一志愿郑州大学材料与化工289分 +31 硕星赴 2026-04-08 31/1550 2026-04-09 16:54 by Delta2012
[考研] 085404,285分求调剂 +10 薇薇考研 2026-04-07 11/550 2026-04-09 16:06 by may_新宇
[考研] 一志愿武理车辆 281 求调剂 +5 上岸研究生. 2026-04-07 5/250 2026-04-09 15:56 by only周
[考研] 086004 求调剂 309 +7 Yin DY 2026-04-08 7/350 2026-04-09 13:59 by Delta2012
[考研] 调剂 化学 307 +10 73372112 2026-04-09 11/550 2026-04-09 12:14 by 418490947
[考研] 26考研调剂0710 0860 +10 补补不补 2026-04-03 15/750 2026-04-09 11:13 by ditto77778
[考研] 一志愿0807 数一英一 313 有没有二轮调剂 +11 emokidd 2026-04-08 12/600 2026-04-09 09:24 by wyf236
[考博] 材料方向考博,求推荐 +3 言语aaa 2026-04-05 4/200 2026-04-08 22:22 by nxgogo
[考研] 一志愿211,化学学硕,310分,本科重点双非,求调剂 +10 努力奋斗112 2026-04-07 10/500 2026-04-08 15:01 by screening
[考研] 281求调剂 +10 椰子蘑菇 2026-04-06 10/500 2026-04-08 11:43 by zzucheup
[考研] 307求调剂 +14 超级伊昂大王 2026-04-06 14/700 2026-04-08 07:03 by 无际的草原
[考研] 0854求调剂 +9 亨氏番茄沙司 2026-04-06 10/500 2026-04-07 14:37 by shdgaomin
[考研] 312求调剂 +4 LR6 2026-04-06 4/200 2026-04-07 08:42 by jp9609
[考研] 生物学求调剂 一志愿沪9,326分 +6 刘墨墨 2026-04-06 6/300 2026-04-06 19:36 by lijunpoly
[考研] 298求调剂 +7 manman511 2026-04-05 7/350 2026-04-05 10:29 by 唐沐儿
[考研] 一志愿北京化工大学,初试成绩350求调剂 +9 沿岸?贝壳 2026-04-04 14/700 2026-04-05 01:09 by 沿岸?贝壳
[考研] 359求调剂 +7 hhhhaaaa$ 2026-04-04 7/350 2026-04-04 18:49 by imissbao
信息提示
请填处理意见