应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 【30金求助】导出MS轨迹文件中原子坐标(随时间变化)数据，谢谢!!!
51/1返回列表
查看: 492  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。
【有奖交流】积极回复本帖子，参与交流，就有机会分得作者 lawnw 的 28 个金币
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

lawnw

木虫 (小有名气)

[交流] 【30金求助】导出MS轨迹文件中原子坐标(随时间变化)数据，谢谢!!!

本人使用MS中的Discover模块对一表面吸附过程进行动力学模拟之后，得到一轨迹文件，现在想导出该文件中某个原子的坐标(XYZ)随时间(比如300ps)的变化的数据(虽然可以直观得到某一时刻的数据，但是这样工作量太大，不知道有没有简便的方式)，从而利用这些数据在Origin中作图，不知道在MS中如何导出这组数据，还望高手不吝指教，谢谢！

[ Last edited by zzgyb on 2008-7-21 at 15:46 ]
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2008-07-19 11:14:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lawnw

木虫 (小有名气)

回复

我试着用你给出的方法导出了msi文件，然后用记事本看了里面的内容，但是好像和我要的不一样，我是想要某一特定原子的坐标随时间的变化，因为在Dynamics中，该原子的坐标是随着时间改变的，不知道还有没有其他的方法。不过还是谢谢你。
赞一下 回复此楼
3楼2008-07-19 21:16:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答

zplmff

新虫 (初入文坛)
★ ★
lawnw(金币+1,VIP+0):鼓励一下。
suntao1982(金币+1,VIP+0):xiexie
用File-Export-msi的格式可以导出坐标!
赞一下(16人) 回复此楼
我想我可以！
2楼2008-07-19 19:00:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

harry_ll8228

★ ★
zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
lawnw(金币+1,VIP+0):鼓励一下！
先放到study table中 再逐个导出xsd为pdb的文件，用记事本打开
赞一下(16人) 回复此楼
4楼2008-07-21 14:29:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lawnw

木虫 (小有名气)
我按照你说的办法，将xtd(动力学模拟轨迹文件，共500帧)导入到study table中，如果分别将其导出为pdb文件，那么还是需要很大的工作量，并且我只需要某一个特定原子的坐标，其他的不需要，(我做的体系中大概有7000多个原子)，可是按照你说的方法我把所有原子的坐标都得到了，不知道还有没有其他方法呢？
赞一下 回复此楼
5楼2008-07-21 15:46:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全 +3 5lbyq5wrhb 2026-02-07 4/200 2026-02-08 08:47 by vs90ilomwc
[考博] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全 +3 5lbyq5wrhb 2026-02-07 4/200 2026-02-08 08:46 by vs90ilomwc
[论文投稿] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全 +3 3rkserf6qr 2026-02-07 5/250 2026-02-08 08:32 by vs90ilomwc
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全 +3 3rkserf6qr 2026-02-07 4/200 2026-02-08 08:27 by vs90ilomwc
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全 +5 2h7du0nuhk 2026-02-07 6/300 2026-02-08 08:26 by vs90ilomwc
[考博] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全 +5 2h7du0nuhk 2026-02-07 6/300 2026-02-08 08:12 by vs90ilomwc
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全 +4 2h7du0nuhk 2026-02-07 6/300 2026-02-08 08:07 by vs90ilomwc
[找工作] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全 +4 2h7du0nuhk 2026-02-07 7/350 2026-02-08 07:46 by vs90ilomwc
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全 +4 2h7du0nuhk 2026-02-07 8/400 2026-02-08 07:32 by vs90ilomwc
[考博] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全 +4 2h7du0nuhk 2026-02-07 8/400 2026-02-08 07:27 by vs90ilomwc
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全 +4 2h7du0nuhk 2026-02-07 8/400 2026-02-08 07:26 by vs90ilomwc
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全 +4 2h7du0nuhk 2026-02-07 8/400 2026-02-08 07:07 by vs90ilomwc
[硕博家园] 博士延得我，科研能力直往上蹿 +8 偏振片 2026-02-02 8/400 2026-02-08 06:52 by liyeqik
[教师之家] 有院领导为了换新车，用横向课题经费买了俩车 +7 瞬息宇宙 2026-02-04 7/350 2026-02-07 21:47 by tfang
[基金申请] 同年申请2项不同项目，第1个项目里不写第2个项目的信息，可以吗 +4 hitsdu 2026-02-06 4/200 2026-02-07 13:07 by jurkat.1640
[基金申请] 有时候真觉得大城市人没有县城人甚至个体户幸福 +9 苏东坡二世 2026-02-04 10/500 2026-02-07 12:37 by 小毛球
[考博] 天津大学招2026.09的博士生，欢迎大家推荐交流（博导是本人） +4 a793625982 2026-02-05 5/250 2026-02-07 10:57 by a793625982
[公派出国] CSC & MSCA 博洛尼亚大学能源材料课题组博士/博士后招生｜MSCA经费充足、排名优 +4 雨念 2026-02-01 6/300 2026-02-06 23:32 by MelissaPon
[基金申请] 面上项目申报 +3 Tide man 2026-02-01 3/150 2026-02-05 22:56 by god_tian
[教师之家] 遇见不省心的家人很难过 +18 otani 2026-02-03 22/1100 2026-02-04 11:06 by tangmnt
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭