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崔兵杰

新虫 (初入文坛)

[交流] 求各位前辈帮帮忙吧,快疯了。。。 已有9人参与

  我做的是真菌基因组DNA提取,做了好久,电泳才好歹有了个结果(图1最右边一个),marker用的D2000,也不知道这是不是DNA。然后又做PCR,就是做不出东西,PCR的原材料都是去年老师买的,学姐用过的,据说什么都没做出来。
  PCR总体系为50微,包括  10×扩增缓冲液      5ul
•                       dNTP混合物        1ul
•                      引物 (100uM)   各2ul 
•                      模板DNA         1.5ul 
•                   Taq DNA聚合酶 (5U/ul)  0.4ul 
•                     25mM Mg2+      3ul
•                      加双蒸水至        50ul
  反应程序如下:94℃ 3min,
         94℃ 1min,
         起始退火温度48℃ 1min,
         72℃ 3min,
         30个循环后72℃ 10min,
  模板用的图1最右边的样品,引物是NS1和NS8,因为计算这两个引物TM值相差比较大,一个49℃,一个59℃,相差有10度,所以每循环退火温度升高0.4℃(这是叫touch-down PCR吗?),结果就做出了图2的样子,全是引物二聚体了?marker用的D2000。
  我只有六个金币,跪求各位前辈帮帮忙啊,小弟感激不尽!!!
求各位前辈帮帮忙吧,快疯了。。。
图1.JPG


求各位前辈帮帮忙吧,快疯了。。。-1
图2.jpg
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xmcliulei

银虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
朋友我感觉你的引物浓度过高,正常PCR用的是5μM 上下游各1.5μL,最大浓度是10μM,这个量在整个体系中已经是过量的了。100μM引物做PCR肯定都是引物二聚体,因为引物已经超过量了,大量的引物已经把模板的扩增竞争掉了。另外给你两点建议:1、给模板定量,调整模板总input在160ng左右;2、做个退火温度的梯度,摸索一个比较靠谱的温度再做touch down。
13楼2015-05-30 00:04:39
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xueyuxx

木虫 (小有名气)

送红花一朵
围观。。。。
2楼2015-05-25 22:16:24
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jkamm

金虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
本人认为不是引物问题就是模板质量问题了
3楼2015-05-26 00:26:41
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崔兵杰

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by jkamm at 2015-05-26 00:26:41
本人认为不是引物问题就是模板质量问题了

那是需要买新的引物或者重新提DNA ?
4楼2015-05-26 08:41:17
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