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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 见鬼了,测序结果下游引物丢失?
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tcxuefeng

金虫 (正式写手)

[交流] 见鬼了,测序结果下游引物丢失?

条带大小1Kb左右.以菌液形式送去上海生工测序,要求测通.
今天测序结果电子版发过来.拼接后1300bp左右.上游引物序列完全匹配,但是下游引物序列(不论是酶切位点还是目的基因上的片段)都完全找不到.把下游反向互补,反向,互补,正向都比过了,一点影子都没有!难道见鬼了?

注:连接载体是pMD-19T Simple Vector.没有做蓝白斑,但是做过菌落PCR.之后划线分离后又作了一遍菌落PCR.验证阳性后送去的两管.其中一管没有测出来.
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1楼 2008-07-18 15:41:17
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tcxuefeng

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by donna181 at 2008-7-18 16:04:
很正常,菌液PCR不准的,你提一下质粒做一下酶切吧!

谢谢！
我做的是菌落PCR。我也知道会有假阳性。但问题是测序结果中在前面确实出现了我上游引物的约30的bp，完全吻合。而下游却莫名其妙丢失了。
如果没连上这个也太巧合了吧。
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4楼2008-07-18 19:17:14
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donna181

金虫 (小有名气)

可能没有连上!

很正常,菌液PCR不准的,你提一下质粒做一下酶切吧!
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2楼2008-07-18 16:04:12
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bingzheyu

银虫 (小有名气)
当时在测序之前确实有必要先进行酶切验证的,再者会不会是测序公司未给全部序列给你.
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3楼2008-07-18 16:08:42
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tcxuefeng

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by bingzheyu at 2008-7-18 16:08:
当时在测序之前确实有必要先进行酶切验证的,再者会不会是测序公司未给全部序列给你.

恩。谢谢你朋友。
上海生工先是寄了上下游分别测序的结果。
过了不久又把拼接后的序列发了我。
我两者都试过了。只有上游，没有下游。
如果是下游某个测错也就算了。关键是我把下游序列比对之后发现这个可能性几乎为0.

而且两边测的话肯定会测到开始的引物序列的吧。
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5楼2008-07-18 19:20:09
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