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foradun

[交流] 【求助】关于autodock的一个小问题

autodock中对接后配体和受体的结合能量大概多少算是结合比较好,我筛选了些化合物,大部分都是-8点多。
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jlz3278

金虫 (小有名气)

问个弱弱的问题,那知道结合能后怎么得到Ki值呢?
7楼2008-07-20 08:14:18
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xxffliu

铜虫 (小有名气)


suntao1982(金币+1,VIP+0):xiexie
没有固定的标准,但是至少要是负的。你看看换算成的Ki大概是多少,就能心里有个数了。另外能量打分只是参考,筛好了还是去测活性吧。
2楼2008-07-17 17:56:23
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长


suntao1982(金币+1,VIP+0):xiexie
如果不考虑实际,只以autodock的打分来看的话,那么<-12为最好,至少也应该在-8到-12之间吧,另外,Ki至少应该在nM的水平,表明结合较强,可以进行进一步的研究
个人博客:[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
3楼2008-07-17 18:59:57
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foradun

最近筛选了一批类似物,跟蛋白的结合里和位点都差不多,但是测活性相差很大,这个要怎么解释好呢?
4楼2008-07-18 08:02:44
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