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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » 【求助】关于autodock的一个小问题
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foradun

[交流] 【求助】关于autodock的一个小问题

autodock中对接后配体和受体的结合能量大概多少算是结合比较好，我筛选了些化合物，大部分都是-8点多。
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1楼 2008-07-17 17:26:34
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xxffliu

铜虫 (小有名气)
★
suntao1982(金币+1,VIP+0):xiexie
没有固定的标准，但是至少要是负的。你看看换算成的Ki大概是多少，就能心里有个数了。另外能量打分只是参考，筛好了还是去测活性吧。
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2楼2008-07-17 17:56:23
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
★
suntao1982(金币+1,VIP+0):xiexie
如果不考虑实际，只以autodock的打分来看的话，那么＜－12为最好，至少也应该在－8到－12之间吧，另外，Ki至少应该在nM的水平，表明结合较强，可以进行进一步的研究
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3楼2008-07-17 18:59:57
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foradun

最近筛选了一批类似物，跟蛋白的结合里和位点都差不多，但是测活性相差很大，这个要怎么解释好呢？
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4楼2008-07-18 08:02:44
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
★ ★
suntao1982(金币+2,VIP+0):xiexie
你是指用药理实验的手段测活性吗？那样的话，这很正常 ，因为能结合只是说能量匹配和几何匹配较好，但具体在体内的作用就不得而知了，比如它的穿透性怎么样？他能到达蛋白处与蛋白作用么？这样就可以解释了啊
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个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
5楼2008-07-18 09:44:09
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foradun

嗯嗯 谢谢楼上 哈哈
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6楼2008-07-18 12:35:43
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jlz3278

金虫 (小有名气)
问个弱弱的问题，那知道结合能后怎么得到Ki值呢？
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7楼2008-07-20 08:14:18
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foradun

ki值就在结合能下面，点conformations--load就能看到。
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8楼2008-07-21 16:13:27
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