24小时热门版块排行榜    

查看: 590  |  回复: 1

shenl891

铁虫 (初入文坛)

[求助] 新手问题:amber软件的初始化

新手问题:刚刚开始接触amber。我们组里没人用过,有些问题,很迷茫。我看了一些网上的例子教程和官网的例子,想重复例子,学习下。可是现在的问题是无法在服务器上调用amber软件。我确认了服务器上amber的安装路径,已经把amber.pbs脚本文件和pbd文件拷到我的文件夹里了。按照网上的操作步骤,我加入力场文件和读入pdb文件的时候提示没有tleap命令或者找不到pdb文件。我不清楚再这些操作之前是否需要如何调用amber或者打开leap界面。初始化的时候是否需要把所有相关文件,.in,.out等文件都命名好。
回复此楼
asb
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

therotyonth

金虫 (正式写手)

能详细说说吗?具体安装的是什么版本的AMBER,是装的单机版还是集群的,又或者GPU版本的?现在新版的AMBER只要将相应的文件写入自己家目录下.bashrc(bash不同不一样)里面就可以了。
2楼2015-07-18 21:10:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 shenl891 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 C6CRn66RYYXS 2026-11-10 5/250 2026-11-12 01:39 by 9fOTqj074tIg
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 C6CRn66RYYXS 2026-11-10 6/300 2026-11-12 01:28 by 9fOTqj074tIg
[公派出国] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 YHiw1gou1Eda 2026-11-10 4/200 2026-11-12 01:17 by 9fOTqj074tIg
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +4 FChKX8meu1ds 2026-11-09 7/350 2026-11-12 00:57 by 9fOTqj074tIg
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +5 FChKX8meu1ds 2026-11-09 9/450 2026-11-12 00:52 by 9fOTqj074tIg
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +6 cqv1zKnzd7hr 2026-11-09 7/350 2026-11-12 00:44 by 9fOTqj074tIg
[考研] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +7 cqv1zKnzd7hr 2026-11-09 10/500 2026-11-12 00:41 by 9fOTqj074tIg
[考博] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +6 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 8/400 2026-11-12 00:33 by 9fOTqj074tIg
[公派出国] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 7/350 2026-11-12 00:33 by 9fOTqj074tIg
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 Z7qfCsdIiD1T 2026-11-10 4/200 2026-11-11 22:42 by 9fOTqj074tIg
[公派出国] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 czAiolzR0IJC 2026-11-10 5/250 2026-11-11 22:20 by 9fOTqj074tIg
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 czAiolzR0IJC 2026-11-10 3/150 2026-11-11 22:09 by 9fOTqj074tIg
[硕博家园] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 czAiolzR0IJC 2026-11-10 5/250 2026-11-11 21:58 by 9fOTqj074tIg
[教师之家] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 Z7qfCsdIiD1T 2026-11-10 3/150 2026-11-11 18:42 by TgvkbZZl9tqB
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 czAiolzR0IJC 2026-11-10 4/200 2026-11-11 18:37 by TgvkbZZl9tqB
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 FChKX8meu1ds 2026-11-09 6/300 2026-11-11 17:03 by TgvkbZZl9tqB
[考研] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +5 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 6/300 2026-11-11 16:47 by TgvkbZZl9tqB
[考博] 申请环境,微生物方向博士 +3 浅笑09 2026-11-08 3/150 2026-11-10 12:44 by 可淡不可忘
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 12/600 2026-11-09 06:32 by l48hFd8Nwae2
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +5 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 9/450 2026-11-08 22:46 by l48hFd8Nwae2
信息提示
请填处理意见