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shenl891

铁虫 (初入文坛)

[求助] 新手问题:amber软件的初始化

新手问题:刚刚开始接触amber。我们组里没人用过,有些问题,很迷茫。我看了一些网上的例子教程和官网的例子,想重复例子,学习下。可是现在的问题是无法在服务器上调用amber软件。我确认了服务器上amber的安装路径,已经把amber.pbs脚本文件和pbd文件拷到我的文件夹里了。按照网上的操作步骤,我加入力场文件和读入pdb文件的时候提示没有tleap命令或者找不到pdb文件。我不清楚再这些操作之前是否需要如何调用amber或者打开leap界面。初始化的时候是否需要把所有相关文件,.in,.out等文件都命名好。
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asb
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therotyonth

金虫 (正式写手)

能详细说说吗?具体安装的是什么版本的AMBER,是装的单机版还是集群的,又或者GPU版本的?现在新版的AMBER只要将相应的文件写入自己家目录下.bashrc(bash不同不一样)里面就可以了。
2楼2015-07-18 21:10:07
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