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金虫 (正式写手)

[求助] vasp编译后首次运行测试紧急求助!前十回复送红花。 已有5人参与

背景描述:
vasp.5.lib编译时有下面类似的提示:
lapack_double.f(20733): remark #5140: Unrecognized directive
CDIR$          NEXTSCALAR
-------------------------^
lapack_atlas.f(12864): remark #5140: Unrecognized directive
CDIR$          NEXTSCALAR
-------------------------^

vasp.5.2编译没有error提示,仅找到2个warning和1个带Un的句子
mpif90 -FR -names lowercase -assume byterecl -O3   -c nonl.f90
nonl.f90(827): warning #7866: The statement following this DEC loop optimization directive must be an iterative do-stmt, a vector assignment, an OMP do-directive or a parallel-do-directive, or an OMP simd-directive or a do-simd-directive.
!DIR$ IVDEP
------^
mpif90 -FR -names lowercase -assume byterecl -O3   -c hamil.f90
hamil.f90(1676): warning #7866: The statement following this DEC loop optimization directive must be an iterative do-stmt, a vector assignment, an OMP do-directive or a parallel-do-directive, or an OMP simd-directive or a do-simd-directive.
!DIR$ IVDEP
------^
mpif90 -FR -names lowercase -assume byterecl -O3   -c pawsym.f90
pawsym.f90(476): remark #5140: Unrecognized directive
!DIR$ NOPATTERN
---------------^

首次运行测试采用了http://cms.mpi.univie.ac.at/vasp-workshop/例子1_1_O_atom,INCAR,KPOINTS,POSCAR,POTCAR文件如有需要请见附件。
运行后不对,结果如下:
wxlcn0@wxlcn0-Lenovo-G470:~$ cd VASP/
wxlcn0@wxlcn0-Lenovo-G470:~/VASP$ cd 1_1_O_atom/
wxlcn0@wxlcn0-Lenovo-G470:~/VASP/1_1_O_atom$ /home/wxlcn0/VASP/vasp.5.2/vasp
running on    1 nodes
distr:  one band on    1 nodes,    1 groups
vasp.5.2.12 26May11 complex
POSCAR found :  1 types and       1 ions
LDA part: xc-table for Pade appr. of Perdew
POSCAR, INCAR and KPOINTS ok, starting setup
WARNING: small aliasing (wrap around) errors must be expected
FFT: planning ...(           1 )
WAVECAR not read
entering main loop
       N       E                     dE             d eps       ncg     rms          rms(c)
Segmentation fault (core dumped)
wxlcn0@wxlcn0-Lenovo-G470:~/VASP/1_1_O_atom$
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未岸亡灵

铁杆木虫 (著名写手)

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【答案】应助回帖

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感谢参与,应助指数 +1
franch: 金币+3, 谢谢回帖交流。。。。 2015-05-20 11:20:25
wxlcn: 金币+100, ★★★★★最佳答案, 天花乱坠,感动涕零,先生之才当受此赏! 2015-05-20 14:25:22
在家目录下.bashrc文件中添加:
ulimit -s unlimited
ulimit -m unlimited
ulimit -c unlimited
ulimit -d unlimited
退出账号,重新登录,再交作业,试试

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8楼2015-05-20 08:21:52
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qlihytc

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2015-05-20 07:48:42
在FFLAGS里加上参数-heap-arrays  64试试看

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

2楼2015-05-19 22:25:31
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普通回帖

wxlcn

金虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by qlihytc at 2015-05-19 22:25:31
在FFLAGS里加上参数-heap-arrays  64试试看

你指的是在makefile里面的FFLAGS?那我是要重新编译?但我感觉编译应该没啥问题了
3楼2015-05-19 22:32:50
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wxlcn

金虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by wxlcn at 2015-05-19 22:32:50
你指的是在makefile里面的FFLAGS?那我是要重新编译?但我感觉编译应该没啥问题了...

我查了编译vasp.5.lib 时的提示“remark #5140: Unrecognized directive“,网上说可以忽略。您有好的建议或者修改方案吗?
4楼2015-05-19 22:34:56
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wxlcn

金虫 (正式写手)

在INCAR中增加
NGX=54
NGY=54
NGZ=54
解决了问题"small aliasing (wrap around) errors must be expected"
这里的54这个指,源于从OUTCAR里面搜索这个warning,给出建议的fft网格大小。如:
WARNING: aliasing errors must be expected set NGX to  54 to avoid them
WARNING: aliasing errors must be expected set NGY to  54 to avoid them
WARNING: aliasing errors must be expected set NGZ to  54 to avoid them
5楼2015-05-19 22:52:49
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6楼2015-05-20 00:11:22
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devinhu

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
unlimited 那个东东设了没,试试有没有可能那个问题

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7楼2015-05-20 00:28:10
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hybren

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
降低优化级别试试!

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9楼2015-05-20 09:56:05
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wxlcn

金虫 (正式写手)

送红花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by devinhu at 2015-05-20 00:28:10
unlimited 那个东东设了没,试试有没有可能那个问题

在.bashrc文件中添加过
ulimit -c unlimited
还是有问题
Segmentation fault (core dumped)
存在
10楼2015-05-20 11:06:38
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