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polestar007

至尊木虫 (职业作家)

[交流] 【求助】discover模块计算相互作用能

大家好,我是新手,正在按照2006.12华南师范大学的那份教程学习MS,现在遇到一个疑问,急需大家的帮助!

1、在“聚合物与金属氧化物表面的相互作用”一部分,为什么我找不到“Total otential Energy(总势能)”这一项呢?请问是指下面这个数值吗?如果是的话,我在重复文献中的计算时为什么差别在一个数量级呢?
Energy components             kcal/mol
Total:                    32509.108728
  Internal:                 158.548601
    Bond:                    58.138645
    Angle:                  116.004938
    Torsion:                -16.574563
    OutOfPlane:               1.205447
    Cross:                   -0.225865
      BondBond:               0.027200
      BondAngle:             -0.253065
      EndBondTorsion:         0.000000
      MiddleBondTorsion:      0.000000
      AngleTorsion:           0.000000
      AngleAngleTorsion:      0.000000
      BondBond-1-3:           0.000000
      AngleAngle:             0.000000
  Nonbond:                32370.240627
    Vdw:                  32465.711095
      Repulsive:          48026.788439
      Dispersive:         -15561.077343
    Electrostatic:          -95.470468
    Hydrogenbond:             0.000000
  Restraint:                -19.680500
    BtclRestraint:          -19.680500

2、当吸附物为一个离子型化合物时(如阴离子表面活性剂CTAB),应该怎么指派电荷呢?

谢谢!

[ Last edited by freshgirl on 2009-6-26 at 16:29 ]
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匏土革,木石金。丝与竹,乃八音。
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polestar007

至尊木虫 (职业作家)

引用回帖:
Originally posted by fspdlh at 2008-7-15 22:47:
就是total项,指的是总势能。
可以在modify中选charge进行修改,但要注意力场类型是不是要改

十分感谢!请问能将charge中的几个选项介绍一下吗?我弄不清楚他们之间的区别!谢谢!
匏土革,木石金。丝与竹,乃八音。
3楼2008-07-16 08:24:02
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查看全部 4 个回答

fspdlh

金虫 (正式写手)


suntao1982(金币+1,VIP+0):谢谢交流!
就是total项,指的是总势能。
可以在modify中选charge进行修改,但要注意力场类型是不是要改
2楼2008-07-15 22:47:07
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bubuweiying

金虫 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
1楼: Originally posted by polestar007 at 2008-07-15 16:48:01:
大家好,我是新手,正在按照2006.12华南师范大学的那份教程学习MS,现在遇到一个疑问,急需大家的帮助!

1、在“聚合物与金属氧化物表面的相互作用”一部分,为什么我找不到“Total otential Energy(总势能) ...

你好,我是个新手,在这一部分中,我算总势能时老出错,请帮忙看一下是啥原因啊,谢谢
FORCEFIELD OPTIONS
__________________

Filename                  : compass.frc
Definition name                  : cff91
Version                          : 2.8
Last modification date          : 3/6/2007
# of automatic parameters : 0
Error: User: Error calculating energy
    while executing
"energy print +energies"

Total time used by DISCOVER: 0.44 secs

Completion date: Sat Aug 27 14:23:42 2011
Exiting Discover: An ERROR has occurred!
春天花会开!
5楼2011-08-27 14:43:33
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