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生物分子模拟方法_英文原版
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Biomolecular Simulation methods and protocols PARTI QUANTUM MECHANICS CALCULATIONS 1 Ab Initio, Density Functional Theory, and Semi-Empirical Calculations . . . . . . . . . 3 2 Ab Initio Molecular Dynamics. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29 3 Introduction to QM/MM Simulations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43 4 Computational Enzymology . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 67 5 QM and QM/MM Simulations of Proteins. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 91 PART II CLASSICAL MECHANICS: ATOMISTIC SIMULATIONS 6 Classical Molecular Dynamics in a Nutshell . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 127 7 Enhanced Sampling Algorithms . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 153 8 Force Fields for Classical Molecular Dynamics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 197 9 Polarizable Force Fields . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 215 10 Electrostatics Interactions in Classical Simulations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 243 11 An Introduction to Best Practices in Free Energy Calculations. . . . . . . . . . . . . . . . . 271 12 Recipes for Free Energy Calculations in Biomolecular Systems. . . . . . . . . . . . . . . . . 313 13 Molecular Docking Methodologies . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 339 14 Simulation Studies of the Mechanism of Membrane Transporters . . . . . . . . . . . . . . 361 15 Molecular Dynamics Simulations of Lipid Bilayers: Simple Recipe of How to Do It . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 407 16 Simulations of Lipid Monolayers. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 431 17 Simulating DNA by Molecular Dynamics: Aims, Methods, and Validation. . . . . . . 445 18 Simulation of Carbohydrates, from Molecular Docking to Dynamics in Water . . . 469 PART III MESOSCOPIC SIMULATIONS AND COARSE-GRAINED MODELS 19 Systematic Methods for Structurally Consistent Coarse-Grained Models . . . . . . . . 487 20 The Martini Coarse-Grained Force Field . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 533 21 Multiscale Molecular Modeling. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 567 22 Coarse-Grained Models for Protein Folding and Aggregation . . . . . . . . . . . . . . . . . 585 23 Elastic Network Models: Theoretical and Empirical Foundations . . . . . . . . . . . . . . 601 24 An Introduction to Dissipative Particle Dynamics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 617 25 Multiscale Molecular Dynamics Simulations of Membrane Proteins . . . . . . . . . . . . 635 26 Vesicles and Vesicle Fusion: Coarse-Grained Simulations. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 659 |
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