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limingtiaan2

至尊木虫 (职业作家)

[交流] 【继续求助】:分子优化

我不是学量化计算的,最近投稿碰到一个问题,就是编辑让我加点计算,所以上来求。编辑原文:
Since the main point of the discussion is planarity of the molecules, it should be proved by independent method that planar conformation corresponds to the minimal energy (otherwise, one can say that planarity in the crystal state is a consequence of packing effects or so). That is why it is necessary to calculate the potential of internal rotation around N3-N4 and N4-C12 with quantum chemical methods (for example, DFT) and to prove that planar conformation is the optimal one for compound (I) and non-planar - for compound (II).
化合物结构图见下图。
简单地说:就是这两个有机物,一个有硝基,整个分子为一个平面,另外一个没有硝基,分子的平面性很差,怎么能够计算说明是分子本身就有平面性呢?或者说,量化计算说明两分子的平面性哪个较好那个较差!
问高斯计算,用什么命令?
谢谢!急用!


[ Last edited by limingtiaan2 on 2008-7-22 at 11:21 ]
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永远有多远?没有答案,海枯石烂!
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wxjbuilder

木虫 (知名作家)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
suntao1982(金币+2,VIP+0):辛苦了,欢迎常来!
limingtiaan2(金币+5,VIP+0):谢谢帮助!
这个应该是做分子结构的优化
#P b3lyp/6-31++G** scf=tight opt test
悠悠天地,奈何独立苍茫?
2楼2008-07-14 21:51:39
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limingtiaan2

至尊木虫 (职业作家)

兄弟,能否进一步指点。俺是新手,修改时间有限!
永远有多远?没有答案,海枯石烂!
3楼2008-07-16 11:17:28
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limingtiaan2

至尊木虫 (职业作家)

难道没有高手?
永远有多远?没有答案,海枯石烂!
4楼2008-07-23 08:56:04
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zzgyb

荣誉版主 (文坛精英)

小木虫警察局局长

优秀版主

把你的分子画出来,简单优化以下结构
看看原子之间的二面角,如果是180度或者0度,一定是平面得了
江南七怪+马玉+洪七公+一灯大师+周伯通教一个弱智儿童=郭靖,天下第一王重阳教七个天资不错的小孩=全真七子,全真七子×3《郭靖,这就是盲目扩招的后果
5楼2008-07-23 09:15:06
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xiaxue_121

木虫 (正式写手)


zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与,欢迎再次光临计算模拟版!
可以改变一下你认为最关键的一个二面角,以这个二面角为变量做势能面扫描,如果对于化合物1,其能量的最低点对应的构型为平面型;对于化合物1,其能量的最低点对应的构型为非平面的,那基本可以说明问题了。
6楼2008-07-23 09:47:50
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zhangfq7112

银虫 (正式写手)

按以下数据输入,用G03算一下即可.估计用不着大基组!

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
zzgyb(金币+4,VIP+0):谢谢你的参与,欢迎再次光临计算模拟版!
limingtiaan2(金币+5,VIP+0):谢谢帮助,很是感激!
%chk=1.chk
%mem=60MW(内存大小)
%nproc=1(cpu个数)
#p b3lyp/3-21g opt

Title Card Required

0 1(电核和多重度)
C                  1.41541783   -0.46941371   -1.34330068
C                  2.06804560    1.31801359   -2.59902046
C                  0.53899793   -1.40657932   -0.73186107
C                  2.73060338   -0.75575256   -1.01752174
C                  3.43585141    1.06218546   -2.29102468
H                  1.82151320    2.14670422   -3.22941175
C                  1.25975313   -2.32855078    0.00862046
C                  3.77370362    0.01502507   -1.49215412
H                  4.19970497    1.69647812   -2.68990052
C                  0.63113724   -3.34536123    0.70026277
C                 -1.42419923   -2.41627223   -0.16262870
H                  4.79222432   -0.20013750   -1.24472207
C                 -0.72507949   -3.38713475    0.61187563
H                  1.18137658   -4.06125176    1.27440348
H                 -2.49151643   -2.46524515   -0.22038566
H                 -1.26943355   -4.15170578    1.12569486
N                  1.10254377    0.56204756   -2.12845924
N                 -0.79119385   -1.46294457   -0.80727884
N                  3.55514053   -3.71113468    1.22554883
C                  4.71955152   -4.60217725    1.12024390
C                  5.79958294   -4.45078780    2.00031987
C                  4.74959304   -5.60302621    0.13977306
C                  6.90965650   -5.30024594    1.89992486
H                  5.77664410   -3.68661974    2.74893129
C                  5.85967391   -6.45247407    0.03936748
H                  3.92496210   -5.71862093   -0.53218105
C                  6.93970528   -6.30108505    0.91944469
H                  7.73428382   -5.18465841    2.57188452
H                  5.88262826   -7.21661952   -0.70926814
H                  7.78728473   -6.94964501    0.84277098
C                  2.73955365   -1.98393331   -0.11461297
N                  3.75386820   -2.58594394    0.41656576
H                  2.73491237   -4.19750471    0.92443734

----------------------------------------------------------------------------------
%chk=2.chk
%mem=60MW
%nproc=1(cpu个数)
#p b3lyp/3-21g opt

Title Card Required

0 1
C                  1.38620833   -0.45388817   -1.33370001
C                  2.01073800    1.35083897   -2.57891968
C                  0.52427447   -1.40584225   -0.72451745
C                  2.70654390   -0.72779917   -1.01823286
C                  3.38323344    1.10817730   -2.28131007
H                  1.75092550    2.18168249   -3.20109069
C                  1.26000634   -2.32541667    0.00412086
C                  3.73787652    0.05859228   -1.49296772
H                  4.13735993    1.75430484   -2.67969753
C                  0.64725548   -3.35482246    0.69135597
C                 -1.42378290   -2.44237047   -0.15151531
H                  4.76028163   -0.14691773   -1.25348231
C                 -0.70891782   -3.41136970    0.61085497
H                  1.20912184   -4.06897440    1.25632780
H                 -2.49081365   -2.50302932   -0.20314968
H                 -1.24137200   -4.18619979    1.12176660
N                  1.05680494    0.58017433   -2.10860890
N                 -0.80563148   -1.47677136   -0.79230540
N                  3.57840258   -3.69134337    1.19599158
C                  4.75220142   -4.56816645    1.07650205
C                  5.83582861   -4.41144764    1.95120939
C                  4.78759570   -5.56079022    0.08788304
C                  6.95484232   -5.24736453    1.83731011
H                  5.80881557   -3.65353969    2.70602450
C                  5.90659780   -6.39672526   -0.02599866
H                  3.96022200   -5.68044890   -0.57997509
C                  6.99022236   -6.24001042    0.84871290
H                  7.78222357   -5.12769372    2.50515673
H                  5.93361634   -7.15462456   -0.78082239
C                  2.73500962   -1.96297038   -0.12531745
N                  3.75934859   -2.55756607    0.39486238
H                  2.76192162   -4.18464043    0.89596358
N                  8.16401577   -7.11684227    0.72923384
O                  8.19424060   -7.96454974   -0.11504588
O                  9.08944860   -6.98298552    1.47621920
7楼2008-07-23 09:59:27
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ustc

金虫 (著名写手)

你联系我,我来帮你!
8楼2008-07-23 10:23:35
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wxjbuilder

木虫 (知名作家)

以上的方法与建议中肯,建议楼主试一下,呵呵
悠悠天地,奈何独立苍茫?
9楼2008-07-23 11:05:42
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