| 查看: 1722 | 回复: 10 | |||
| 当前主题已经存档。 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[交流]
[求助]Autodock对接结果Reference RMSD过大怎么办？
|
|||
|
Autodock对接后的结果显示ref rmsd值很大，都在10左右。 我没有sybyl，因此ligand的pdb文件是用下载的复合物pdb文件中的配体部分用写字板复制粘贴做成的。Ligand和MacroMolecule的相对位置与原复合物pdb中相对位置是相同的。 Autodock的FAQs里说在DPF中可以specify the "rmsref" command，但我在用ADT创建DPF文件的时候并没有找到这个选项，请问这个命令应该如何设定呢？ 这是FAQs中的原文： I get very high Reference RMSD values in my DLG (docking log file); what went wrong? The "Reference RMSD" values that are printed in the "RMSD TABLE" in the DLG are computed from the coordinates of either the input ligand (PDBQ or PDBQT) file specified by the "move" command in the DPF, if you did not include the "rmsref" command in your DPF; or the ligand (PDBQ or PDBQT) file you specified in the "rmsref" command in the DPF. If you do not specify the "rmsref" command, and the ligand input coordinates happen to be translated far from the receptor, you will appear to get high Reference RMSD values. _Don't Panic!_ This is normal, and you don't need to worry about these high values. You may want to check that the input ligand coordinates are far from the crystallographically observed binding position in active site, by reading in the input ligand and the receptor in ADT. We usually use the "rmsref" DPF-command to specify the x-ray crystallographic coordinates of a known binding mode taken from a complex PDB structure. This can be a useful way of checking if your redocking is successful, if the Reference RMSD values are less than 2-3 Å from the crystal structure position of the ligand. 谢谢各位指点。 |
回复此楼» 猜你喜欢
哈尔滨工业大学（深圳）绿色化学团队招收2026年秋季入学博士生
已经有11人回复
-
澳大利亚昆士兰科技大学PhD博士奖学金
已经有0人回复
-
物理化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有237人回复
-
【211博士招生】环境化学、地学、毒理方向，擅长污染物迁移转化降解、计算模拟者优先
已经有17人回复
-
求助如何利用vasp计算磁光克尔效应
已经有1人回复
-
070300总分298求调剂
已经有2人回复
-
一志愿厦门大学化学学硕307求调剂
已经有13人回复
-
理论与计算化学方向调剂——初试388分（数学144）
已经有1人回复
-
硕士研究生调剂
已经有0人回复
-
投稿期刊求助
已经有1人回复
-
江西师大化学工程学院调剂今晚0点开放！ 缺额100个，速冲！
已经有0人回复
9楼2008-07-17 10:39:07
2楼2008-07-14 18:48:09
3楼2008-07-14 20:12:42
weishenme
金虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 981.3
- 帖子: 128
- 在线: 52.6小时
- 虫号: 45892
- 注册: 2004-05-15
- 性别: GG
- 专业: 生物大分子结构与功能
4楼2008-07-15 06:01:35
