24小时热门版块排行榜

>论坛更新日志 (3461)
>虫友互识 (636)
>导师招生 (288)
>文献求助 (200)
>休闲灌水 (195)
>考博 (187)
>论文投稿 (124)
>博后之家 (93)
>硕博家园 (87)
>考研 (87)
>教师之家 (47)
>招聘信息布告栏 (45)
>精细化工 (42)
>基金申请 (36)
>公派出国 (34)
>找工作 (28)

返回列表

当前主题已经存档。

xingyun5182

铜虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 123.5
帖子: 35
在线: 3小时
虫号: 579546
注册: 2008-07-11

[交流] [求助]Autodock对接结果Reference RMSD过大怎么办？

Autodock对接后的结果显示ref rmsd值很大，都在10左右。
我没有sybyl，因此ligand的pdb文件是用下载的复合物pdb文件中的配体部分用写字板复制粘贴做成的。Ligand和MacroMolecule的相对位置与原复合物pdb中相对位置是相同的。
Autodock的FAQs里说在DPF中可以specify the "rmsref" command，但我在用ADT创建DPF文件的时候并没有找到这个选项，请问这个命令应该如何设定呢？

这是FAQs中的原文：
I get very high Reference RMSD values in my DLG (docking log file); what went wrong?
The "Reference RMSD" values that are printed in the "RMSD TABLE" in the DLG are computed from the coordinates of

either the input ligand (PDBQ or PDBQT) file specified by the "move" command in the DPF, if you did not include the "rmsref" command in your DPF;
or the ligand (PDBQ or PDBQT) file you specified in the "rmsref" command in the DPF.
If you do not specify the "rmsref" command, and the ligand input coordinates happen to be translated far from the receptor, you will appear to get high Reference RMSD values. _Don't Panic!_ This is normal, and you don't need to worry about these high values.

You may want to check that the input ligand coordinates are far from the crystallographically observed binding position in active site, by reading in the input ligand and the receptor in ADT.

We usually use the "rmsref" DPF-command to specify the x-ray crystallographic coordinates of a known binding mode taken from a complex PDB structure. This can be a useful way of checking if your redocking is successful, if the Reference RMSD values are less than 2-3 Å from the crystal structure position of the ligand.

谢谢各位指点。

回复此楼

» 猜你喜欢

有没有LIMS客户的资源，求推荐已经有0人回复
福州大学梁宇航副教授招收2026年申核制博士研究生/硕士研究生（理论计算方向）已经有21人回复
物理化学论文润色/翻译怎么收费? 已经有202人回复
福州大学梁宇航副教授招收2026年申核制博士研究生/硕士研究生（理论计算方向）已经有20人回复
深圳理工大学招聘AI4Science与分子模拟方向科研人员已经有0人回复
全奖博士英国利物浦大学 × 台湾清华大学联合培养已经有0人回复
寻博导已经有12人回复
基金正文30页指的是报告正文还是整个申请书已经有6人回复

1楼 2008-07-14 16:30:17

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长

应助: 0 (幼儿园)
贵宾: 0.522
金币: 4097.7
散金: 1548
红花: 57
帖子: 1768
在线: 151.2小时
虫号: 514002
注册: 2008-02-28
性别: GG
专业: 生化分析及生物传感

★ ★
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！

楼主，我认为你不宜为了减小ref rmsd而去更改这几个参数，首先因为ref rmsd代表不了什么，其次，每次遗传都用相同的初始构象，你想想这会发生什么？这就是削弱了遗传算法威力最大的地方：全局寻优能力。你这样很可能找不到全局最优构象，除非你已经很肯定这个配体就应该在这个地方，只是来优化一下他的侧链位置。所以，我觉得，还是random的好罢!