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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » [求助]Autodock对接结果Reference RMSD过大怎么办？
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xingyun5182

铜虫 (初入文坛)

[交流] [求助]Autodock对接结果Reference RMSD过大怎么办？

Autodock对接后的结果显示ref rmsd值很大，都在10左右。
我没有sybyl，因此ligand的pdb文件是用下载的复合物pdb文件中的配体部分用写字板复制粘贴做成的。Ligand和MacroMolecule的相对位置与原复合物pdb中相对位置是相同的。
Autodock的FAQs里说在DPF中可以specify the "rmsref" command，但我在用ADT创建DPF文件的时候并没有找到这个选项，请问这个命令应该如何设定呢？

这是FAQs中的原文：
I get very high Reference RMSD values in my DLG (docking log file); what went wrong?
The "Reference RMSD" values that are printed in the "RMSD TABLE" in the DLG are computed from the coordinates of

either the input ligand (PDBQ or PDBQT) file specified by the "move" command in the DPF, if you did not include the "rmsref" command in your DPF;
or the ligand (PDBQ or PDBQT) file you specified in the "rmsref" command in the DPF.
If you do not specify the "rmsref" command, and the ligand input coordinates happen to be translated far from the receptor, you will appear to get high Reference RMSD values. _Don't Panic!_ This is normal, and you don't need to worry about these high values.

You may want to check that the input ligand coordinates are far from the crystallographically observed binding position in active site, by reading in the input ligand and the receptor in ADT.

We usually use the "rmsref" DPF-command to specify the x-ray crystallographic coordinates of a known binding mode taken from a complex PDB structure. This can be a useful way of checking if your redocking is successful, if the Reference RMSD values are less than 2-3 Å from the crystal structure position of the ligand.

谢谢各位指点。
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1楼 2008-07-14 16:30:17
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
★ ★
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
楼主，我认为你不宜为了减小ref rmsd而去更改这几个参数，首先因为ref rmsd代表不了什么，其次，每次遗传都用相同的初始构象，你想想这会发生什么？这就是削弱了遗传算法威力最大的地方：全局寻优能力。你这样很可能找不到全局最优构象，除非你已经很肯定这个配体就应该在这个地方，只是来优化一下他的侧链位置。所以，我觉得，还是random的好罢!
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8楼2008-07-17 09:40:01
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
★
suntao1982(金币+1,VIP+0):xiexie
我认为去掉random是不合适的，应该以控制盒子的位置和大小来控制这种情况
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10楼2008-07-17 18:57:14
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普通回帖

xxffliu

铜虫 (小有名气)
★
suntao1982(金币+1,VIP+0):谢谢你！
rmsref参数可以让你指定晶体结构的配体文件作为计算rmsd的参考。具体在Docking->Docking Run Parameters里可以设置。
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2楼2008-07-14 18:48:09
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xingyun5182

铜虫 (初入文坛)
能再具体的指一下设定的位置么？
Docking -> Docking Parameters -> ？ -> ？
我用的是ADT1.4.6。
谢谢。
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3楼2008-07-14 20:12:42
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weishenme

金虫 (小有名气)
★
zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！
复合物中配体去掉了吗？
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4楼2008-07-15 06:01:35
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xingyun5182

铜虫 (初入文坛)
复合物中的配体已经去掉了，我是直接在写字板中删除的。用Viewerliite和ADT打开后均未再发现配体。

[ Last edited by xingyun5182 on 2008-7-15 at 09:03 ]
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5楼2008-07-15 09:02:11
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
★
suntao1982(金币+1,VIP+0):辛苦了，欢迎常来！
ref rmsd值太大无关紧要，这主要取决于你以哪个配体结构作为reference，这个是可以在ADT中重新设定和，计算的，也可以重新指定reference ligand，在analysize->conformations->play...中就能。
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6楼2008-07-15 09:38:12
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xingyun5182

铜虫 (初入文坛)
嗯，终于找到设置的地方了，ADT -> Docking -> Ligand -> Ligand Parameters，把那几个random点掉就可以固定Ligand的位置了，对接后的ref rmsd就很小了。
谢谢楼上各位的帮忙指点。
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7楼2008-07-16 15:12:27
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xingyun5182

铜虫 (初入文坛)
我这次对接就是把从RCSB中下载下来的复合物中的受体和配体拆开后再进行对接的。当我设置random后，发现配体分子到处乱跑，和原来的位置相距甚远，也就是ref rmsd值特别大，这个时候是不是就应该将random点掉了？
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9楼2008-07-17 10:39:07
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