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yf-deng

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[交流] 生物信息学求助：序列比对相似性的获得？

大家好，我在丁香园发了个http://www.dxy.cn/bbs/post/view? ... amp;tpg=1&age=0求助有关基因序列比对的帖，至今问题还是没有解决？还有就是要想知道一个物种的单个基因若想知道与其他物种的序列相似性是用多重比对还是目的基因与其他物种的基因两两比对？另一个物种的家族内基因的相似性呢？
[search]序列比对[/search]
http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=73&id=12288520&sty=1&tpg=1&age=0

[ Last edited by yf-deng on 2008-7-15 at 14:47 ]

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1楼 2008-07-14 15:04:21

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xyklmu

至尊木虫 (知名作家)

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yf-deng(金币+2,VIP+0):谢谢您的回复

附件图片6中的数值的确是相似性的比较，这一点不用怀疑，至于你的结果和文章中的结果有很大的出入，我觉着可能是所用的软件不同，而每个软件的默认设置参数不同，还有就是你和文章中所比较的基因片段完全相同吗？是采取的保守domain 比较的还是全长比较的，基因的比较还是蛋白水平的比较，这些都会引起最后的数值发生不一致的现象。DNASTAR软件包中的Megalign软件，基本上不能设参数，也就是做做一般的比较还可以，正式发表的论文大都不用DNASTAR（lasergene）的。Clustal W或者是Philip都是做系统进化以及进化树研究的好工具。

用Philip做分析的时候，除了要选择好各种参数以外，尤其是一个boottrap数值要设好，一般是设1000的，好像是做1000次不同的比较，最后得出一个结果。还有就是一个外类群（outgroup）的选定同样很关键的。一般选择一个亲缘关系最远的物种做外类群。这个软件有一个中文说明，你很容易在网上搜到的。

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位卑未敢忘忧国。

6楼2008-07-16 02:00:05

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xyklmu

至尊木虫 (知名作家)

虫眼看世界

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yf-deng(金币+2,VIP+0):谢谢您的回复，我马上把帖子贴出来

你在丁香园的帖子看不到，还需要注册才可以浏览，何不把帖子的内容贴过来？？
对于要想知道一个物种的单个基因其他物种的类似序列的相似程度有多大，一般是用多重对比的软件来测算，如DNASTAR（lasergene）、DNATOOL等。用这些软件既可以知道此基因和别的类似基因的两两之间的相似性和趋异性，也可以知道这个基因在整个谱系中的聚类或者是进化地位。同一个物种内的基因家族成员之间的关系也可以用这种多重比对来进行比较。另外进化树软件Philip也可以通过树形的形式展示基因家族内或者基因类似物的相似性或者趋异性，相互之间的关系可以用进化距离来表示的。

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位卑未敢忘忧国。

2楼2008-07-14 19:26:05

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