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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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yf-deng

金虫 (正式写手)

[交流] 生物信息学求助:序列比对相似性的获得?

大家好,我在丁香园发了个http://www.dxy.cn/bbs/post/view? ... amp;tpg=1&age=0求助有关基因序列比对的帖,至今问题还是没有解决?还有就是要想知道一个物种的单个基因若想知道与其他物种的序列相似性是用多重比对还是目的基因与其他物种的基因两两比对?另一个物种的家族内基因的相似性呢?
[search]序列比对[/search]
http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=73&id=12288520&sty=1&tpg=1&age=0

[ Last edited by yf-deng on 2008-7-15 at 14:47 ]
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yf-deng

金虫 (正式写手)

非常感谢您的解答,刚才我也用Lasergene 7.01软件包比对了以前的序列得到了和您一样的结果,发现前面的结构之所以和您比对的结果(和文献的结果很接近,看来文献中的也不一定准确)差异很大是因为我先前用的那个版本的DNAstar和Lasergene 7.01软件包导入序列的时候有差别,差别如下图。而换了另外的序列则没有出现此种情况。

另外还想请教,bioedit上的结果可信吗?还有就是您说一般发文章不用DNASTAR比对获得的相似性,那么您用clustalx或phlip是怎么样得到相似性的?有图示就更好了!谢谢!
14楼2008-07-17 15:37:15
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xyklmu

至尊木虫 (知名作家)

虫眼看世界

★ ★
yf-deng(金币+2,VIP+0):谢谢您的回复,我马上把帖子贴出来
你在丁香园的帖子看不到,还需要注册才可以浏览,何不把帖子的内容贴过来??
对于要想知道一个物种的单个基因其他物种的类似序列的相似程度有多大,一般是用多重对比的软件来测算,如DNASTAR(lasergene)、DNATOOL等。用这些软件既可以知道此基因和别的类似基因的两两之间的相似性和趋异性,也可以知道这个基因在整个谱系中的聚类或者是进化地位。同一个物种内的基因家族成员之间的关系也可以用这种多重比对来进行比较。另外进化树软件Philip也可以通过树形的形式展示基因家族内或者基因类似物的相似性或者趋异性,相互之间的关系可以用进化距离来表示的。
位卑未敢忘忧国。
2楼2008-07-14 19:26:05
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yf-deng

金虫 (正式写手)

上图所显示的是我用两种方法比对的结果,请问我的比对方法是否正确,如何才能获得序列间的相似性?谢谢!
3楼2008-07-15 14:49:17
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zcslzf

捐助贵宾 (小有名气)

各种软件的过程和算法基本没有区别,你一定要搞清楚用的是什么比对方法(全局或者局部),打分矩阵,和记分的方法.选择的不同出来的结果肯定是不同的,你的结果要想和文献中的结果有可比性,参数的选择首先要一样.
4楼2008-07-15 16:02:12
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