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gongwei924

金虫 (正式写手)

九五之尊

[求助] 请问大神们为什么我结构修的很接近了,R因子也下来了。但是一精修就散掉了呢? 已有5人参与

RT。具体情况是结构已经修的很接近了。苯环都固定住了。本来在修的过程中,随着精修R值是在不断下降的。但是快到最后的时候,再点击精修(精修20轮)后发现结构又散了。R值又上去了。不知道是怎么回事。
PS:其中有两个氧原子的振动因子分别为0.12 和0.11 ,结合键长感觉是定错原子了。我把定位C原子精修还是出现以上所说情况。(在XSHELL里面可以grow,但不能pack)
求大神帮忙


一般情况下结构精修时散掉有几种原因呢?
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jackdeng

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
如果是苯环的话,建议你用一下afix 66试一下
2楼2015-05-11 07:05:07
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p452_1

至尊木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
这种情况不知道是否是有坏点造成的。
去list文件里,删除最坏的衍射点,看看是否会解决这个问题。
老歪博
3楼2015-05-11 07:31:48
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Johnsonzheng

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
看一下是不是空间群定错了。比如p-1的空间群定成了手性的p1
4楼2015-05-11 09:13:38
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calebby

捐助贵宾 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
像这种情况我遇到过以下几种情况:
1. 在上一轮精修完毕之后,有个别原子的热椭球出现异常,没做任何处理就进行下一轮精修
2. 原子类型定错
3. 一些限定用得不对或者没用好,有一些命令要慎用,比如SAME,一旦用错会很麻烦。
4. 非缺面孪晶,能给出合理的初始模型,并也能精修,一旦做各向异性结构就会散开。
5楼2015-05-11 10:11:44
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babyjl

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
主要看是哪个原子的偏差大     集中解决偏差大的原子   另外10轮一修就可以
6楼2015-05-11 10:47:17
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