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木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长

[交流] ［求助］PyMol能计算出结合自由能么？

我有一个用Autodock得到的蛋白质－配体复合物，想计算其结合自由能及其KI值，由于蛋白中有一个金属原子ZN，帮Autodock不进行配位作用的计算，我认它的能量不准，所以想用pymol，请问pymol能计算这个复合物的结合自由能么？怎么算？

个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]

1楼 2008-07-13 11:08:35

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铁杆木虫 (正式写手)

老木虫

★
suntao1982(金币+1,VIP+0):谢谢交流!

pymol本身不能计算自由能，不过以前有人写过一个插件，调用Amber和Dicon，可以计算自由能，不过没有用过。

万里夕阳锦背高翻身犹恨东洋小太公怎钓？

2楼2008-07-13 17:36:23

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木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长

哦，谢谢

个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]

3楼2008-07-13 22:30:32

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