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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长

[交流] [求助]PyMol能计算出结合自由能么?


我有一个用Autodock得到的蛋白质-配体复合物,想计算其结合自由能及其KI值,由于蛋白中有一个金属原子ZN,帮Autodock不进行配位作用的计算,我认它的能量不准,所以想用pymol,请问pymol能计算这个复合物的结合自由能么?怎么算?
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alwens

铁杆木虫 (正式写手)

老木虫


suntao1982(金币+1,VIP+0):谢谢交流!
pymol本身不能计算自由能,不过以前有人写过一个插件,调用Amber和Dicon,可以计算自由能,不过没有用过。
万里夕阳锦背高 翻身犹恨东洋小 太公怎钓?
2楼2008-07-13 17:36:23
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长

哦,谢谢
个人博客:[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
3楼2008-07-13 22:30:32
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