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谜雾xiaoxiao木虫 (小有名气)
环境微生物苦逼研究生
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[求助]
请教rarefaction curves（稀疏曲线）所衡量的指标，及代表的含义） 已有2人参与
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通过对16s rRNA测序，得到的有效序列进行OTU的划分，然后做了rarefaction curves（稀疏曲线），我想了解以下，这个稀疏曲线所衡量的指标是什么，它有什么样的意义！ 图片1.jpg |
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愿永远7
新虫 (正式写手)
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4楼2016-04-14 20:20:56
1902194422
铁杆木虫 (小有名气)
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【答案】应助回帖
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谜雾xiaoxiao: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-05-13 10:28:24
谜雾xiaoxiao: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-05-13 10:28:24
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稀疏曲线(或者稀释曲线)一般是从样本中随机抽取一定数量的个体，统计出这些个体所代表物种数目，并以个体数与物种数来构建曲线。对于16S 做出的OTU 来画稀释曲线，横轴一般是抽取的序列数，而纵轴则是这些序列数所代表的OTU数。 看这个图一般看两个方面： 1.比较不同样本的物种丰富度。在抽取相同序列的条件下，OTU数越多说明物种丰富度越高。比如当你的取样量为2万，M样本OTU最多，则说明M样本中物种丰富度最高，也可以预测一下，M样本中真实的物种丰富度也最高（取样趋于无穷大时）。 2.说明样本的取样大小是否合理。在稀释性曲线图中，当曲线趋向平坦时，说明取样的数量合理，更多的取样只会产生少量新的OTU，反之则表明继续取样还可能产生较多新的OTU。即可以得出样品的取样深度情况。看你的图在序列量达到2万时，这几条线上升趋势较弱，说明取样量是基本合理的。 |
2楼2015-05-12 17:29:06
3楼2015-05-12 21:05:25
40