| 查看: 2843 | 回复: 3 | |||
谜雾xiaoxiao木虫 (小有名气)
环境微生物苦逼研究生
|
[求助]
请教rarefaction curves（稀疏曲线）所衡量的指标，及代表的含义） 已有2人参与
|
通过对16s rRNA测序，得到的有效序列进行OTU的划分，然后做了rarefaction curves（稀疏曲线），我想了解以下，这个稀疏曲线所衡量的指标是什么，它有什么样的意义！ 图片1.jpg |
回复此楼» 猜你喜欢
估计是周四
已经有3人回复
-
基金啊基金
已经有3人回复
-
科研孤儿太难了
已经有15人回复
-
让我中一个面上吧！
已经有10人回复
-
言之凿凿，明天官网会通知放榜？
已经有17人回复
-
时间戳又变了
已经有17人回复
-
今天系统多次维护，明天很可能放榜！
已经有11人回复
-
时间戳变了，能看出什么问题？
已经有23人回复
-
只有每年这种时候来逛逛小木虫
已经有22人回复
-
放榜前的不淡定
已经有12人回复
1902194422
铁杆木虫 (小有名气)
- 应助: 9 (幼儿园)
- 金币: 6495.8
- 红花: 2
- 帖子: 291
- 在线: 105.8小时
- 虫号: 2670870
- 注册: 2013-09-22
- 性别: GG
- 专业: 环境微生物学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
谜雾xiaoxiao: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-05-13 10:28:24
谜雾xiaoxiao: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-05-13 10:28:24
|
稀疏曲线(或者稀释曲线)一般是从样本中随机抽取一定数量的个体，统计出这些个体所代表物种数目，并以个体数与物种数来构建曲线。对于16S 做出的OTU 来画稀释曲线，横轴一般是抽取的序列数，而纵轴则是这些序列数所代表的OTU数。 看这个图一般看两个方面： 1.比较不同样本的物种丰富度。在抽取相同序列的条件下，OTU数越多说明物种丰富度越高。比如当你的取样量为2万，M样本OTU最多，则说明M样本中物种丰富度最高，也可以预测一下，M样本中真实的物种丰富度也最高（取样趋于无穷大时）。 2.说明样本的取样大小是否合理。在稀释性曲线图中，当曲线趋向平坦时，说明取样的数量合理，更多的取样只会产生少量新的OTU，反之则表明继续取样还可能产生较多新的OTU。即可以得出样品的取样深度情况。看你的图在序列量达到2万时，这几条线上升趋势较弱，说明取样量是基本合理的。 |
2楼2015-05-12 17:29:06
3楼2015-05-12 21:05:25
愿永远7
新虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 2520.3
- 散金: 487
- 红花: 4
- 帖子: 480
- 在线: 37.4小时
- 虫号: 4275966
- 注册: 2015-12-09
- 性别: MM
- 专业: 微生物生态学
4楼2016-04-14 20:20:56
40