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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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Dirac12345

新虫 (小有名气)

[交流] PWSCF 提示 problems computing cholesky 已有4人参与

%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
     task #        98
     from  cdiaghg  : error #       911       problems computing cholesky  %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%

什么原因呢？ 是因为原子隔得太近吗， 我体系有个 原子间隙 缺陷，可能会有点近， 但是确实结构式这样啊。 我用VASP 优化出来没问题 怎么用 pwscf 就优花不了呢？

以下是 输入文件

&control
    calculation = 'relax',
    restart_mode='from_scratch',         !do a new calculation, else 'from_start'
    prefix='I_i.relax',
    pseudo_dir = '/auto/rcf-proj2/op/wl_903/I_int.save',
    outdir= './',
!    forc_conv_thr = 1.0D-3,  !1.0D-3 is the default
!    etot_conv_thr = 1.0D-4, !1.0D-4 is the default
    nstep= 1000,
/

&system
    ibrav= 0,
    celldm(1)=1.8897,
    nat= 97,
    ntyp= 5,
    ecutwfc = 40.D0,
    ecutrho   = 300.D0, !for norm-conserving pseudo I must use the default value
    occupations = 'smearing', !for force/opt/md, 'tetrahedral' is used for DOS, if 'smearing' is chosed, the following two card needs to be set
    smearing = 'gauss', !gauss is the default
    degauss = 0.02,
    input_dft = 'PBE'  !or vdw-DF2
!    noncolin = .true.   !for soc
!    lspinorb = .true.   !for soc
/

&electrons
!    mixing_mode = 'plain'      !plain is the default
!    mixing_beta = 0.1D0        !0.7d0 is the default
    conv_thr =  1.0d-8            !1.0d-6 is the default,
    electron_maxstep = 100
    diagonalization = 'cg'
/

&IONS !use only calculation = relax, md, vc-relax, vc-md
  ion_dynamics = 'bfgs'                                   !case relax, bfgs(default),damp (for constranints), case md, verlet (default) case vc-relax, bfgs (default, cell_dynamics must also be bfgs), damp
  pot_extrapolation = "second_order",
  wfc_extrapolation = "second_order",
  trust_radius_max = 0.2D0,
  trust_radius_ini = 0.1D0,
/

!&cell
!   cell_dynamics = 'bfgs'
!/

ATOMIC_SPECIES !ATOM mass used only in MD and relax using Damped MD
       H      1.0080000162    H.pbe-rrkjus.UPF
       C     12.0109996796    C.pbe-rrkjus.UPF
       N     14.0069999695    N.pbe-rrkjus.UPF
       I    126.9039993286    I.pbe-n-rrkjus_psl.0.2.UPF
       Pb    207.1999969482    Pb.pbe-dn-rrkjus_psl.0.2.2.UPF

CELL_PARAMETERS (alta)
      12.781200000000002       0.000000000000000       0.000000000000000
       0.000000000000000      12.768300000000002       0.000000000000000
       0.000000000000000       0.000000000000000      12.771799999999999

K_POINTS {automatic}
3 3 3 0 0 0

ATOMIC_POSITIONS (crystal) !if calculation=band or nscf these positions will be ignored
  H   0.4131800000000003   0.0225200000000000   0.4417900000000002
  H   0.0205600000000000   0.4366400000000003   0.4124400000000002
  H   0.4401400000000002   0.4125200000000003   0.0251900000000000
  H   0.0050200000000000   0.0895700000000000   0.0903000000000000
  H   0.0939300000000000   0.0877100000000000   0.4953900000000002
  H   0.0953000000000000   0.4960100000000002   0.0878400000000000
  H   0.9131800000000004   0.0225200000000000   0.4417900000000002
  H   0.5205599999999999   0.4366400000000002   0.4124400000000001
  H   0.9401400000000005   0.4125200000000003   0.0251900000000000
  H   0.5050200000000001   0.0895700000000000   0.0903000000000000
  H   0.5939300000000002   0.0877100000000000   0.4953900000000002
  H   0.5953000000000002   0.4960100000000002   0.0878400000000000
  H   0.4131800000000002   0.5225200000000002   0.4417900000000001
  H   0.0205600000000000   0.9366400000000007   0.4124400000000002
  H   0.4401400000000002   0.9125200000000006   0.0251900000000000
  H   0.0050200000000000   0.5895700000000002   0.0903000000000000
  H   0.0939300000000000   0.5877100000000002   0.4953900000000002
  H   0.0953000000000000   0.9960100000000007   0.0878400000000000
  H   0.9131800000000002   0.5225200000000002   0.4417900000000001
  H   0.5205599999999999   0.9366400000000005   0.4124400000000001
  H   0.9401400000000005   0.9125200000000006   0.0251900000000000
  H   0.5050200000000001   0.5895700000000002   0.0903000000000000
  H   0.5939300000000002   0.5877100000000002   0.4953900000000002
  H   0.5953000000000002   0.9960100000000007   0.0878400000000000
  H   0.4131800000000003   0.0225200000000000   0.9417900000000005
  H   0.0205600000000000   0.4366400000000003   0.9124400000000005
  H   0.4401400000000001   0.4125200000000002   0.5251900000000002
  H   0.0050200000000000   0.0895700000000000   0.5903000000000002
  H   0.0939300000000000   0.0877100000000001   0.9953900000000004
  H   0.0953000000000000   0.4960100000000002   0.5878400000000003
  H   0.9131800000000004   0.0225200000000000   0.9417900000000005
  H   0.5205599999999999   0.4366400000000002   0.9124400000000004
  H   0.9401400000000004   0.4125200000000002   0.5251900000000002
  H   0.5050200000000001   0.0895700000000000   0.5903000000000002
  H   0.5939300000000003   0.0877100000000001   0.9953900000000004
  H   0.5953000000000002   0.4960100000000002   0.5878400000000003
  H   0.4131800000000002   0.5225200000000002   0.9417900000000004
  H   0.0205600000000000   0.9366400000000007   0.9124400000000005
  H   0.4401400000000001   0.9125200000000003   0.5251900000000002
  H   0.0050200000000000   0.5895700000000002   0.5903000000000002
  H   0.0939300000000000   0.5877100000000003   0.9953900000000004
  H   0.0953000000000000   0.9960100000000007   0.5878400000000004
  H   0.9131800000000002   0.5225200000000002   0.9417900000000004
  H   0.5205599999999999   0.9366400000000005   0.9124400000000004
  H   0.9401400000000004   0.9125200000000003   0.5251900000000002
  H   0.5050200000000001   0.5895700000000002   0.5903000000000002
  H   0.5939300000000003   0.5877100000000003   0.9953900000000004
  H   0.5953000000000002   0.9960100000000007   0.5878400000000004
  C   0.4747400000000002   0.4729700000000002   0.4751600000000002
  C   0.9747400000000008   0.4729700000000004   0.4751600000000003
  C   0.4747400000000003   0.9729700000000007   0.4751600000000003
  C   0.9747400000000009   0.9729700000000009   0.4751600000000004
  C   0.4747400000000003   0.4729700000000004   0.9751600000000007
  C   0.9747400000000009   0.4729700000000005   0.9751600000000008
  C   0.4747400000000004   0.9729700000000009   0.9751600000000008
  C   0.9747400000000012   0.9729700000000010   0.9751600000000009
  N   0.0454700000000000   0.0394900000000000   0.0399300000000000
  N   0.5454700000000002   0.0394900000000000   0.0399300000000000
  N   0.0454700000000000   0.5394900000000005   0.0399300000000000
  N   0.5454700000000002   0.5394900000000005   0.0399300000000000
  N   0.0454699999999999   0.0394900000000000   0.5399300000000000
  N   0.5454700000000002   0.0394900000000000   0.5399300000000000
  N   0.0454699999999999   0.5394900000000004   0.5399300000000000
  N   0.5454700000000002   0.5394900000000003   0.5399300000000000
  I   0.2306700000000000   0.4898900000000002   0.2484700000000001
  I   0.2468300000000001   0.2321900000000001   0.4905000000000002
  I   0.4915800000000001   0.2436300000000001   0.2292300000000001
  I   0.7306700000000004   0.4898900000000002   0.2484700000000001
  I   0.7468300000000003   0.2321900000000001   0.4905000000000002
  I   0.9915800000000005   0.2436300000000002   0.2292300000000001
  I   0.2306700000000001   0.9898900000000006   0.2484700000000001
  I   0.2468300000000001   0.7321900000000003   0.4905000000000002
  I   0.4915800000000001   0.7436300000000004   0.2292300000000001
  I   0.7306700000000005   0.9898900000000006   0.2484700000000001
  I   0.7468300000000003   0.7321900000000003   0.4905000000000002
  I   0.9915800000000005   0.7436300000000005   0.2292300000000001
  I   0.2306700000000000   0.4898900000000002   0.7484700000000003
  I   0.2468300000000001   0.2321900000000002   0.9905000000000005
  I   0.4915800000000001   0.2436300000000001   0.7292300000000003
  I   0.7306700000000004   0.4898900000000002   0.7484700000000003
  I   0.7468300000000004   0.2321900000000002   0.9905000000000005
  I   0.9915800000000005   0.2436300000000002   0.7292300000000004
  I   0.2306700000000001   0.9898900000000006   0.7484700000000005
  I   0.2468300000000001   0.7321900000000006   0.9905000000000005
  I   0.4915800000000001   0.7436300000000004   0.7292300000000003
  I   0.7306700000000005   0.9898900000000006   0.7484700000000005
  I   0.7468300000000004   0.7321900000000006   0.9905000000000005
  I   0.9915800000000005   0.7436300000000005   0.7292300000000004
Pb   0.2446700000000002   0.2429400000000003   0.2435800000000002
Pb   0.7446700000000007   0.2429400000000002   0.2435800000000001
Pb   0.2446700000000001   0.7429400000000007   0.2435800000000001
Pb   0.7446700000000006   0.7429400000000006   0.2435800000000001
Pb   0.2446700000000001   0.2429400000000002   0.7435800000000001
Pb   0.7446700000000006   0.2429400000000002   0.7435800000000001
Pb   0.2446700000000001   0.7429400000000006   0.7435800000000001
Pb   0.7446700000000005   0.7429400000000005   0.7435800000000001
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都是斯坦惹的祸
1楼 2015-05-07 11:01:31
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KalaShayminS

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
diagonalization选项可以尝试调一下，

如果不是第一次就出现的问题，那么
  pot_extrapolation = "second_order",
  wfc_extrapolation = "second_order"
这两个选项也可以改一下
赞一下 回复此楼
2楼2015-05-07 15:07:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

damao4361556

铁虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
2楼: Originally posted by KalaShayminS at 2015-05-07 15:07:40
diagonalization选项可以尝试调一下，

如果不是第一次就出现的问题，那么
  pot_extrapolation = "second_order",
  wfc_extrapolation = "second_order"
这两个选项也可以改一下

你好  非常感谢你的回复。 试着调了下 还是有问题。 提示
task #        76
     from read_cards : error #        97
     end of file reading atomic positions

检查了半天也没查出来到底哪错了。 我 坐标 是MS 里 castep 生成的cell 文件里拷贝过来的， 为分数坐标。 晶格参数 也是拷贝的cell文件里面的  后面单位为 alat   celldm（1） 设置 为 1.8892 请问这样 有问题吗？

以下 为 输入文件， 非常感谢

&control
    calculation = 'relax',
    restart_mode='from_scratch',         !do a new calculation, else 'from_start'
    outdir= './',
!    forc_conv_thr = 1.0D-3,  !1.0D-3 is the default
!    etot_conv_thr = 1.0D-4, !1.0D-4 is the default
    nstep= 1000,
/

&system
    ibrav= 0,
    celldm(1)=1.8897,
    nat= 97,
    ntyp= 5,
    ecutwfc = 40.D0,
    ecutrho   = 300.D0, !for norm-conserving pseudo I must use the default value
    occupations = 'smearing', !for force/opt/md, 'tetrahedral' is used for DOS, if 'smearing' is chosed, the following two card needs to be set
    smearing = 'gauss', !gauss is the default
    degauss = 0.02,
    input_dft = 'PBE'  !or vdw-DF2
!    noncolin = .true.   !for soc
!    lspinorb = .true.   !for soc
/

&electrons
!    mixing_mode = 'plain'      !plain is the default
!    mixing_beta = 0.1D0        !0.7d0 is the default
    conv_thr =  1.0d-8            !1.0d-6 is the default,
    electron_maxstep = 100
    diagonalization = 'cg'
/

&IONS !use only calculation = relax, md, vc-relax, vc-md
! pot_extrapolation = "second_order",
! wfc_extrapolation = "second_order",
  trust_radius_max = 0.2D0,
  trust_radius_ini = 0.1D0,
/

!&cell
!   cell_dynamics = 'bfgs'
!/

ATOMIC_SPECIES !ATOM mass used only in MD and relax using Damped MD
       H      1.0080000162    H.pbe-rrkjus.UPF
       C     12.0109996796    C.pbe-rrkjus.UPF
       N     14.0069999695    N.pbe-rrkjus.UPF
       I    126.9039993286    I.pbe-n-rrkjus_psl.0.2.UPF
       Pb    207.1999969482    Pb.pbe-dn-rrkjus_psl.0.2.2.UPF

CELL_PARAMETERS (alta)
      12.781200000000002       0.000000000000000       0.000000000000000
       0.000000000000000      12.768300000000002       0.000000000000000
       0.000000000000000       0.000000000000000      12.771799999999999

K_POINTS {automatic}
3 3 3 0 0 0

ATOMIC_POSITIONS (crystal) !if calculation=band or nscf these positions will be ignored
  H   0.4131800000000003   0.0225200000000000   0.4417900000000002
  H   0.0205600000000000   0.4366400000000003   0.4124400000000002
  H   0.4401400000000002   0.4125200000000003   0.0251900000000000
  H   0.0050200000000000   0.0895700000000000   0.0903000000000000
  H   0.0939300000000000   0.0877100000000000   0.4953900000000002
  H   0.0953000000000000   0.4960100000000002   0.0878400000000000
  H   0.9131800000000004   0.0225200000000000   0.4417900000000002
  H   0.5205599999999999   0.4366400000000002   0.4124400000000001
  H   0.9401400000000005   0.4125200000000003   0.0251900000000000
  H   0.5050200000000001   0.0895700000000000   0.0903000000000000
  H   0.5939300000000002   0.0877100000000000   0.4953900000000002
  H   0.5953000000000002   0.4960100000000002   0.0878400000000000
  H   0.4131800000000002   0.5225200000000002   0.4417900000000001
  H   0.0205600000000000   0.9366400000000007   0.4124400000000002
  H   0.4401400000000002   0.9125200000000006   0.0251900000000000
  H   0.0050200000000000   0.5895700000000002   0.0903000000000000
  H   0.0939300000000000   0.5877100000000002   0.4953900000000002
  H   0.0953000000000000   0.9960100000000007   0.0878400000000000
  H   0.9131800000000002   0.5225200000000002   0.4417900000000001
  H   0.5205599999999999   0.9366400000000005   0.4124400000000001
  H   0.9401400000000005   0.9125200000000006   0.0251900000000000
  H   0.5050200000000001   0.5895700000000002   0.0903000000000000
  H   0.5939300000000002   0.5877100000000002   0.4953900000000002
  H   0.5953000000000002   0.9960100000000007   0.0878400000000000
  H   0.4131800000000003   0.0225200000000000   0.9417900000000005
  H   0.0205600000000000   0.4366400000000003   0.9124400000000005
  H   0.4401400000000001   0.4125200000000002   0.5251900000000002
  H   0.0050200000000000   0.0895700000000000   0.5903000000000002
  H   0.0939300000000000   0.0877100000000001   0.9953900000000004
  H   0.0953000000000000   0.4960100000000002   0.5878400000000003
  H   0.9131800000000004   0.0225200000000000   0.9417900000000005
  H   0.5205599999999999   0.4366400000000002   0.9124400000000004
  H   0.9401400000000004   0.4125200000000002   0.5251900000000002
  H   0.5050200000000001   0.0895700000000000   0.5903000000000002
  H   0.5939300000000003   0.0877100000000001   0.9953900000000004
  H   0.5953000000000002   0.4960100000000002   0.5878400000000003
  H   0.4131800000000002   0.5225200000000002   0.9417900000000004
  H   0.0205600000000000   0.9366400000000007   0.9124400000000005
  H   0.4401400000000001   0.9125200000000003   0.5251900000000002
  H   0.0050200000000000   0.5895700000000002   0.5903000000000002
  H   0.0939300000000000   0.5877100000000003   0.9953900000000004
  H   0.0953000000000000   0.9960100000000007   0.5878400000000004
  H   0.9131800000000002   0.5225200000000002   0.9417900000000004
  H   0.5205599999999999   0.9366400000000005   0.9124400000000004
  H   0.9401400000000004   0.9125200000000003   0.5251900000000002
  H   0.5050200000000001   0.5895700000000002   0.5903000000000002
  H   0.5939300000000003   0.5877100000000003   0.9953900000000004
  H   0.5953000000000002   0.9960100000000007   0.5878400000000004
  C   0.4747400000000002   0.4729700000000002   0.4751600000000002
  C   0.9747400000000008   0.4729700000000004   0.4751600000000003
  C   0.4747400000000003   0.9729700000000007   0.4751600000000003
  C   0.9747400000000009   0.9729700000000009   0.4751600000000004
  C   0.4747400000000003   0.4729700000000004   0.9751600000000007
  C   0.9747400000000009   0.4729700000000005   0.9751600000000008
  C   0.4747400000000004   0.9729700000000009   0.9751600000000008
  C   0.9747400000000012   0.9729700000000010   0.9751600000000009
  N   0.0454700000000000   0.0394900000000000   0.0399300000000000
  N   0.5454700000000002   0.0394900000000000   0.0399300000000000
  N   0.0454700000000000   0.5394900000000005   0.0399300000000000
  N   0.5454700000000002   0.5394900000000005   0.0399300000000000
  N   0.0454699999999999   0.0394900000000000   0.5399300000000000
  N   0.5454700000000002   0.0394900000000000   0.5399300000000000
  N   0.0454699999999999   0.5394900000000004   0.5399300000000000
  N   0.5454700000000002   0.5394900000000003   0.5399300000000000
  I   0.2306700000000000   0.4898900000000002   0.2484700000000001
  I   0.2468300000000001   0.2321900000000001   0.4905000000000002
  I   0.4915800000000001   0.2436300000000001   0.2292300000000001
  I   0.7306700000000004   0.4898900000000002   0.2484700000000001
  I   0.7468300000000003   0.2321900000000001   0.4905000000000002
  I   0.9915800000000005   0.2436300000000002   0.2292300000000001
  I   0.2306700000000001   0.9898900000000006   0.2484700000000001
  I   0.2468300000000001   0.7321900000000003   0.4905000000000002
  I   0.4915800000000001   0.7436300000000004   0.2292300000000001
  I   0.7306700000000005   0.9898900000000006   0.2484700000000001
  I   0.7468300000000003   0.7321900000000003   0.4905000000000002
  I   0.9915800000000005   0.7436300000000005   0.2292300000000001
  I   0.2306700000000000   0.4898900000000002   0.7484700000000003
  I   0.2468300000000001   0.2321900000000002   0.9905000000000005
  I   0.4915800000000001   0.2436300000000001   0.7292300000000003
  I   0.7306700000000004   0.4898900000000002   0.7484700000000003
  I   0.7468300000000004   0.2321900000000002   0.9905000000000005
  I   0.9915800000000005   0.2436300000000002   0.7292300000000004
  I   0.2306700000000001   0.9898900000000006   0.7484700000000005
  I   0.2468300000000001   0.7321900000000006   0.9905000000000005
  I   0.4915800000000001   0.7436300000000004   0.7292300000000003
  I   0.7306700000000005   0.9898900000000006   0.7484700000000005
  I   0.7468300000000004   0.7321900000000006   0.9905000000000005
  I   0.9915800000000005   0.7436300000000005   0.7292300000000004
Pb   0.2446700000000002   0.2429400000000003   0.2435800000000002
Pb   0.7446700000000007   0.2429400000000002   0.2435800000000001
Pb   0.2446700000000001   0.7429400000000007   0.2435800000000001
Pb   0.7446700000000006   0.7429400000000006   0.2435800000000001
Pb   0.2446700000000001   0.2429400000000002   0.7435800000000001
Pb   0.7446700000000006   0.2429400000000002   0.7435800000000001
Pb   0.2446700000000001   0.7429400000000006   0.7435800000000001
Pb   0.7446700000000005   0.7429400000000005   0.7435800000000001
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3楼2015-05-08 02:44:26
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damao4361556

铁虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
2楼: Originally posted by KalaShayminS at 2015-05-07 15:07:40
diagonalization选项可以尝试调一下，

如果不是第一次就出现的问题，那么
  pot_extrapolation = "second_order",
  wfc_extrapolation = "second_order"
这两个选项也可以改一下

KalaShayminS 你好。

关于pwscf 输入结构的构建 我现在还是不太明白啊。

我通用的做法是 ：
celldm(1) = 1.8892
ibrav=0
cell parameter 从 castep cell文件拷过来， 单位为 alat
atomic position 也从cell文件拷过来， 单位为 crystal

我看到有些 同样也是 Ibrav=0  但是atomic position 后的 单位 却为 alat 呢？ 我查了 说明书 说的是 原子坐标以alat为单位的话？ 是以 cell parameter 和 celldm(1) 为单位？ 这是什么意思呢？ 到底最后 都是 以什么味单位呢？ 有点懵了。

现在的问题是：
1.  celldm(1) 这个值到底是怎么得来的
2. 晶格参数 的单位 到底是什么？
原子坐标的单位 为 alat的话 具体是怎么个单位换算关系呢？

一直在优化结构 也不知道 这么做的 是不是对的。
还麻烦您的解答

谢谢
祝好
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4楼2015-05-08 06:47:30
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KalaShayminS

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
4楼: Originally posted by damao4361556 at 2015-05-08 06:47:30
KalaShayminS 你好。

关于pwscf 输入结构的构建 我现在还是不太明白啊。

我通用的做法是 ：
celldm(1) = 1.8892
ibrav=0
cell parameter 从 castep cell文件拷过来， 单位为 alat
atomic position 也从c ...

如果ibrav=0的话，celldm(1)是个任意值，你写多少都可以，然后以这个数为单位（它本身的单位是Bohr）
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5楼2015-05-08 09:11:14
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liqizuiyang

木虫 (著名写手)
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如果ibrav 不等于零，celldm(1) - celldm(6) 有确定物理的物理意义，具体看帮助文件。

如果ibrav等于零，只有celldm(1)是个缩放因子，剩下的celldm没有意义。

无论ibrav取何种值，celldm(1)单位永远是bohr。

CELL_PARAMETERS后面可以接bohr, angstrom, alat。alat就是前面制定的celldm(1)。

celldm(1) = 1.8892再加alat等价于 CELL_PARAMETERS {angstrom}，只所以这么写是因为XCrysDen不能识别CELL_PARAMETERS {angstrom}。
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6楼2015-05-08 09:49:57
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damao4361556

铁虫 (正式写手)
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6楼: Originally posted by liqizuiyang at 2015-05-08 09:49:57
如果ibrav 不等于零，celldm(1) - celldm(6) 有确定物理的物理意义，具体看帮助文件。

如果ibrav等于零，只有celldm(1)是个缩放因子，剩下的celldm没有意义。

无论ibrav取何种值，celldm(1)单位永远是bohr。
...

谢谢。 对于 Atomic position 后面的单位 可能为alat crystal？

单位为alat时 也是乘以那个缩放 因子吗？  我看说明书说以alat为单位 是
alat    : atomic positions are in cartesian coordinates, in
          units of the lattice parameter (either celldm(1)
          or A).
不明白还为什么以 晶格参数为单位

我现在需要写个代码 来转换 vasp 里的poscar 的分数坐标 到 QE 里 单位为alat的坐标， 所以需要确切的知道他们之间的转换关系

先谢谢了 这个问题困扰我很久了
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7楼2015-05-08 10:03:59
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liqizuiyang

木虫 (著名写手)
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
描述一个含有N个原子的晶体空间信息，需要3N+9个坐标。其中9个是基矢坐标，其余3N个是原子坐标。

基矢坐标和原子坐标完全独立，理论上可以用两套坐标系，比如说基矢用单位长度为bohr的笛卡尔坐标系而原子坐标用单位长度为angstrom的笛卡尔坐标系。只不过原子坐标多用分数坐标，给人一种原子坐标依赖于基矢坐标的错觉。

了解了这一点，就好理解QE输入文件了。

如果ibrav不等于0，用的是QE自定义的一套基矢坐标，这种情况下celldm(1) - celldm(6)都有确定物理意义。由于程序接管了基矢坐标，需要指定的只有原子坐标。原子坐标可以用crsytal, bohr, angstrom, alat。这里alat的物理意义用个例子说明：

假如celldm(1) = 2.0，ATOMIC_POSITIONS后面接alat，意思就是说后面的原子坐标是笛卡尔坐标，这个笛卡尔坐标单位长度是celldm(1)，也就是2.0 bohr。

这样celldm(1) = 1.8892那种写法也很好理解。1 angstrom = 1.8892 bohr，指定celldm(1) = 1.8892， 再指定ATOMIC_POSITIONS {alat}，就是说原子坐标都是以1 angstrom (1.8892 bohr)为单位长度的笛卡尔坐标。至于为什么不直接写成ATOMIC_POSITIONS {angstrom}，是因为这么写XCrysDen不能识别。

CELL_PARAMETERS后面可以接的选项和ATOMIC_POSITIONS一样，除了没有crystal这个选项。因为基矢和原子坐标独立，上面关于原子的讨论也适用于基矢。

你要写转换程序，只需要把celldm(1)设置成1.8892 * POSCAR中缩放系数，CELL_PARAMETERS后面接alat，ATOMIC_POSITIONS后面接crystal，基矢坐标和原子分数坐标可以直接照搬过来。
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8楼2015-05-08 12:03:56
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damao4361556

铁虫 (正式写手)
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8楼: Originally posted by liqizuiyang at 2015-05-08 12:03:56
描述一个含有N个原子的晶体空间信息，需要3N+9个坐标。其中9个是基矢坐标，其余3N个是原子坐标。

基矢坐标和原子坐标完全独立，理论上可以用两套坐标系，比如说基矢用单位长度为bohr的笛卡尔坐标系而原子坐标用单 ...

谢谢 liqizuiyang

如果我要将 poscar的分数坐标转换成 alat （笛卡尔坐标）的话  这之间是个什么样的转换关系呢？

QE里面的笛卡尔坐标 后期可视化结构比较方便，

例如 我celldm(1) = 1.889
    cell_parameter card 里用的是 POSCAR里的晶格参数坐标。

我目前看到的一个代码 说 要进行这样的转换， 是这样进行的：
将 poscar里的晶格参数（九个） 分别 乘以标度因子 1 后 为：
tv1(0) tv1(1) tv1(2)
tv2(0) tv2(1) tv2(2)
tv3(0) tv3(1) tv3(2)

再将poscar里的所有分数坐标 读入数组 x[ ][ ]
则新的XYZ 坐标分别为： 单位为alat
  X = X [0] * tv1[0]
    Y = X[0] * tv2[1]
    Z = X[0]  * tv3[2]

不理解为什么要分别乘以三个晶格参数呢？难道分数坐标 转换成笛卡尔坐标 就是分别乘以 晶格参数？

谢谢。
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9楼2015-05-09 01:10:41
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KalaShayminS

铁杆木虫 (著名写手)
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9楼: Originally posted by damao4361556 at 2015-05-09 01:10:41
谢谢 liqizuiyang

如果我要将 poscar的分数坐标转换成 alat （笛卡尔坐标）的话  这之间是个什么样的转换关系呢？

QE里面的笛卡尔坐标 后期可视化结构比较方便，

例如 我celldm(1) = 1.889
    cell_par ...

这个转换是个简单的矩阵乘法：
笛卡尔坐标  = 晶格矢量 点乘 分数坐标
[X     [  ax ay az ]    [A
Y =  [ bx by bz ] .   B
Z]     [ cx cy cz  ]     C]
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10楼2015-05-09 09:58:50
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