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mandywang

铁虫 (正式写手)

[求助] heatmap 图解读 已有1人参与

做了微生物的高通量测序，公司又给了heatmap图，想请教大侠们这个图怎么解读呢，
有没有什么比较好的文献或是学习资料可以推荐的呢，谢谢了
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inging
1楼 2015-05-06 21:12:37
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王志云006

新虫 (初入文坛)
比较不同样品的相应物种的丰度。个人感觉，知识可视化结果，花架子，看起来比较费劲。
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2楼2015-05-12 21:08:18
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mandywang

铁虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 王志云006 at 2015-05-12 21:08:18
比较不同样品的相应物种的丰度。个人感觉，知识可视化结果，花架子，看起来比较费劲。

的确是比较费劲呀，没办法呀，是不是还可以比较不同样品在哪些物种上有差异，主要是想了解他是否可以解决这个问题
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inging
3楼2015-05-12 22:12:33
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静雯

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

Heatmap 可以用颜色变化来反映二维矩阵或表格中的数据信息，它可以直
观地将数据值的大小以定义的颜色深浅表示出来。常根据需要将数据进行聚类，
将聚类后的数据表示在heatmap 图上，通过颜色的梯度及相似程度来反映数据
的相似性和差异性。如在属水平上对样品和  OTU 类型（样品所含菌属）进行聚
类（依据是不同样品中各  OTU 所含序列数越相近，即所含菌属数量越相近，样
品间相似性越高）  ，对聚类后各样品中不同  OTU（不同菌属）所含序列的丰度
作  heatmap 图，能够反映出在菌属水平上各样品菌落结构的相似性和差异性
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4楼2016-03-08 21:22:01
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