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zjh20091111

木虫 (著名写手)

[求助] 请教大神：单抗上面赖氨酸的游离胺基间的距离分布

现在进行单抗方面的修饰研究：
想了解下  单抗上面赖氨酸的游离胺基间的距离分布
最好有最短的距离。
谢谢！
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1楼 2015-05-04 11:19:45
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by zjh20091111 at 2015-05-05 11:30:48
这个能帮忙下几个吗？下曲妥珠单抗的就好！
我会给你加金币的  多谢！...

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/mmdb/mmdbsrv.cgi?uid=81664
看看这个行不行。每个抗体的序列都不一样，做结晶的很少，你只能下载一些其他抗原-抗体复合物的结晶，然后统计某些氨基酸基团的距离，而不能只找目标蛋白的抗体。
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6楼2015-05-05 13:19:36
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zjh20091111: 金币+50, ★★★很有帮助 2015-05-05 11:31:21
不同抗体的序列差别很大，不同抗体应该有不同的分布情况。还有就是抗原-抗体结合存在变构调节，同一个抗体在不同的状态下也有差别。
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2楼2015-05-04 14:38:22
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zjh20091111

木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by liuderong at 2015-05-04 14:38:22
不同抗体的序列差别很大，不同抗体应该有不同的分布情况。还有就是抗原-抗体结合存在变构调节，同一个抗体在不同的状态下也有差别。

你说的这些受用很多，但是你说的这些情况下应该都有对应的距离，比如：最稳定状态下的距离？
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3楼2015-05-05 09:15:11
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by zjh20091111 at 2015-05-05 09:15:11
你说的这些受用很多，但是你说的这些情况下应该都有对应的距离，比如：最稳定状态下的距离？...

这个跟不同抗体也有差别的。有些抗体里赖氨酸起主要的识别和结合作用，有些则只是负责组成或稳定抗体三维结构，这两类赖氨酸的距离都不一样的。你可以下载几个PDB文件，然后统计一下。
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4楼2015-05-05 11:02:52
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