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zjh20091111

木虫 (著名写手)

[求助] 请教大神:单抗上面赖氨酸的游离胺基间的距离分布

现在进行单抗方面的修饰研究:
想了解下  单抗上面赖氨酸的游离胺基间的距离分布
最好有最短的距离。
谢谢!
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

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感谢参与,应助指数 +1
zjh20091111: 金币+50, ★★★很有帮助 2015-05-05 11:31:21
不同抗体的序列差别很大,不同抗体应该有不同的分布情况。还有就是抗原-抗体结合存在变构调节,同一个抗体在不同的状态下也有差别。
2楼2015-05-04 14:38:22
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zjh20091111

木虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by liuderong at 2015-05-04 14:38:22
不同抗体的序列差别很大,不同抗体应该有不同的分布情况。还有就是抗原-抗体结合存在变构调节,同一个抗体在不同的状态下也有差别。

你说的这些受用很多,但是你说的这些情况下应该都有对应的距离,比如:最稳定状态下的距离?
3楼2015-05-05 09:15:11
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by zjh20091111 at 2015-05-05 09:15:11
你说的这些受用很多,但是你说的这些情况下应该都有对应的距离,比如:最稳定状态下的距离?...

这个跟不同抗体也有差别的。有些抗体里赖氨酸起主要的识别和结合作用,有些则只是负责组成或稳定抗体三维结构,这两类赖氨酸的距离都不一样的。你可以下载几个PDB文件,然后统计一下。
4楼2015-05-05 11:02:52
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zjh20091111

木虫 (著名写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by liuderong at 2015-05-05 11:02:52
这个跟不同抗体也有差别的。有些抗体里赖氨酸起主要的识别和结合作用,有些则只是负责组成或稳定抗体三维结构,这两类赖氨酸的距离都不一样的。你可以下载几个PDB文件,然后统计一下。...

这个能帮忙下几个吗?下曲妥珠单抗的就好!
我会给你加金币的  多谢!
5楼2015-05-05 11:30:48
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by zjh20091111 at 2015-05-05 11:30:48
这个能帮忙下几个吗?下曲妥珠单抗的就好!
我会给你加金币的  多谢!...

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/mmdb/mmdbsrv.cgi?uid=81664
看看这个行不行。每个抗体的序列都不一样,做结晶的很少,你只能下载一些其他抗原-抗体复合物的结晶,然后统计某些氨基酸基团的距离,而不能只找目标蛋白的抗体。
6楼2015-05-05 13:19:36
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