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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 最近换namd软件玩玩，
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好好学习444

银虫 (小有名气)

[求助] 最近换namd软件玩玩， 已有1人参与

大神们，自己电脑是单cpu，8核心，namd文件下载下面哪个合适
http://muchong.com/bbs/post.php?action=newthread&logid=&ffid=0&fid=322&icon=
    Linux-x86_64-multicore (64-bit Intel/AMD single node)
    Linux-x86_64 (64-bit Intel/AMD with ethernet)
    Linux-x86_64-TCP (TCP may be better on gigabit)
    Linux-x86_64-ibverbs (InfiniBand via OpenFabrics OFED, no MPI needed)
    Linux-x86_64-ibverbs-smp (InfiniBand plus shared memory, no MPI needed)
    Linux-x86_64-multicore-CUDA (NVIDIA CUDA acceleration)
    Linux-x86_64-ibverbs-smp-CUDA (NVIDIA CUDA with InfiniBand)
    Linux-x86_64-multicore-MIC (Intel Xeon Phi coprocessor acceleration)
    Linux-x86_64-netlrts (Multi-copy algorithms)
    MacOSX-x86_64 (Mac OS X for 64-bit Intel processors)
    MacOSX-x86_64-netlrts (Multi-copy algorithms)
    Win64 (Windows 7, 8, etc.)
    Win64-CUDA (NVIDIA CUDA acceleration)
    Win64-MPI (Windows HPC Server)
    Source Code

自己下了个NAMD_CVS-2015-04-25_Linux-x86_64-multicore，我按照namd教程（借此感谢翻译成中文的前辈们！！）执行时，namd2没有这个文件。不是说namd不需要编译不，可以直接就可以用了？？我看看一下notes，好像还是要编译的（vmd、fftw已安装）？感觉安装过程比groamcs要难些。
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说好努力的
1楼 2015-05-02 09:44:04
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好好学习444

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by gn02530640 at 2015-05-02 17:14:50
最保险的做法，下载 Linux-x86_64-multicore 就行了
不需要任何编译，若出错请检查.bashrc文件，是不是存在其他软件的环境变量

好的，谢谢了！我再问一下，gromacs原来也是在里面添加路径export PATH=$PATH:/usr/local/gromacs/bin，最后source一下，source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC

这里，我的namd是不是把路径改这个就可以了 export PATH=$PATH:/  /home/linux/NAMD-multicore/

需要source一下，source哪个文件？
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说好努力的
3楼2015-05-03 09:10:32
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gn02530640

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
好好学习444: 金币+10, ★有帮助 2015-05-03 09:00:56
最保险的做法，下载 Linux-x86_64-multicore 就行了
不需要任何编译，若出错请检查.bashrc文件，是不是存在其他软件的环境变量
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2楼2015-05-02 17:14:50
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沐风雨林

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 好好学习444 at 2015-05-03 09:10:32
好的，谢谢了！我再问一下，gromacs原来也是在里面添加路径export PATH=$PATH:/usr/local/gromacs/bin，最后source一下，source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC

这里，我的namd是不是把路径改这个就可以了 expor ...

这个要看你把export PATH 命令添加到那个文件了。如果你的命令行前面显示的是“$”，那一般是放在  .bashrc  文件里（看清楚，前面有个点）。 在里面修改PATH，保存退出文件，在terminal中输入  source .bashrc 就行。
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4楼2015-06-26 02:06:24
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zhaojingzsx

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 好好学习444 at 2015-05-03 09:10:32
好的，谢谢了！我再问一下，gromacs原来也是在里面添加路径export PATH=$PATH:/usr/local/gromacs/bin，最后source一下，source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC

这里，我的namd是不是把路径改这个就可以了 expor ...

namd教程的中文版在哪里找呀？谢谢
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5楼2017-05-09 10:38:49
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