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kobe6777

新虫 (小有名气)

[求助] Dmol中计算hessian atom frequence 和就算全部原子频率的的区别 已有2人参与

我用Dmol算了如下的结构，当对所有原子都计算频率时，显示的是没有虚频，然而选中calculation partial hessian 选择了中间四个原子进行计算，出现了九个虚频和九个实频，我想问一下，为什么会出现虚频率？怎么设置这些虚频才不会显示，显示我选中那个原子的频率？ 望高手解答！！谢谢！

Dmol中计算hessian atom frequence 和就算全部原子频率的的区别
图片1.png


Dmol中计算hessian atom frequence 和就算全部原子频率的的区别-1
图片2.png


Dmol中计算hessian atom frequence 和就算全部原子频率的的区别-2
图片3.png
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1楼 2015-04-27 20:23:19
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dummy1

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
kobe6777: 金币+3, ★★★很有帮助 2015-04-28 11:00:37
所有原子的话没有虚频是因为对整个hessian矩阵进行对角化，在稳定点的话自燃没有虚频。但是你计算部分原子的话我觉得有可能是截取了hessian矩阵的一部分进行的对角化， 即使不是如此，部分优化算频率出现虚频也很正常。另外， 你确定是四个原子可以算出18个频率？一个原子哪里有振动，只能说体系的某个频率的振动可能主要来自于你关心的原子的贡献。
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2楼2015-04-28 00:11:48
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KalaShayminS

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
kobe6777: 金币+2 2015-04-28 11:07:03
partial gaussian 不应该在不理解它是干什么的时候随便使用。你要看的应该从完整的振动计算中找到对应你需要观察的原子有关的振动模式，而不是计算这个。
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3楼2015-04-28 00:27:09
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kobe6777

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by dummy1 at 2015-04-28 00:11:48
所有原子的话没有虚频是因为对整个hessian矩阵进行对角化，在稳定点的话自燃没有虚频。但是你计算部分原子的话我觉得有可能是截取了hessian矩阵的一部分进行的对角化， 即使不是如此，部分优化算频率出现虚频也很正 ...

谢谢，用dmol算过渡态，再确认过渡态时我想算一下他只有一个虚频，但是所有原子计算的话，计算量太大，所以我只想计算相关的几个原子，算出来的结果很有多虚频，但是这些虚频都对应的都不是我选的那几个原子，我在想如何让这些虚频不显示？还有就是知道这些虚频的来源跟我选的这几个原子无关
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4楼2015-04-28 11:06:33
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kobe6777

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by KalaShayminS at 2015-04-28 00:27:09
partial gaussian 不应该在不理解它是干什么的时候随便使用。你要看的应该从完整的振动计算中找到对应你需要观察的原子有关的振动模式，而不是计算这个。

谢谢，我确实不太理解他的意思，看说明越看越糊涂，不知道可不可以给我简单的解释一下，谢谢了
还有就是我想算部分原子的频率，不知道dmol中如何实现？我想确认过渡态只有一个虚频，整体全算的话计算量太大，望大侠 指点！
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5楼2015-04-28 11:11:21
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KalaShayminS

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by kobe6777 at 2015-04-28 11:11:21
谢谢，我确实不太理解他的意思，看说明越看越糊涂，不知道可不可以给我简单的解释一下，谢谢了
还有就是我想算部分原子的频率，不知道dmol中如何实现？我想确认过渡态只有一个虚频，整体全算的话计算量太大， ...

必须全算。振动是个全局属性，找虚频只算一部分是不可行的。
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6楼2015-04-28 12:27:46
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kobe6777

新虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by KalaShayminS at 2015-04-28 12:27:46
必须全算。振动是个全局属性，找虚频只算一部分是不可行的。...

谢谢！能否解释一下 partial hessian呢？
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7楼2015-04-28 15:02:55
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KalaShayminS

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by kobe6777 at 2015-04-28 15:02:55
谢谢！能否解释一下 partial hessian呢？...

Partial Hessian就是只取Hessian矩阵的一部分，相当于假设其他所有原子质量都是无穷大。只有在这是合理近似时计算才有意义，例如表面吸附等。
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8楼2015-04-28 15:17:45
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