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Whether 3-nitrotyrosine is important in normal cellular processes or is likely to affect specific biological pathways remains unclear. Using GPS-YNO2, a recently described 3-nitrotyrosine prediction algorithm, a set of predictions for nitrated residues in the human proteome was generated. In total, 9.27 per cent of the proteome was predicted to be nitratable (27 922/ 301 091). By matching the predictions against a set of curated and experimentally validated 3-nitrotyrosine sites in human proteins, it was found that GPS-YNO2 is able to predict 73.1 per cent (404/553) of these sites. Furthermore, of these sites, 42 have been shown to be nitrated endogenously, with 85.7 per cent (36/42) of these predicted to be nitrated. This demonstrates the feasibility of using the predicted dataset for a whole proteome analysis. |
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灿灿妹
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2011164112(RXMCDM代发): 金币+5 2015-06-06 18:18:39
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3-硝基酪氨酸是否对正常的细胞过程很重要或者有可能影响特定的生物学途径，一切尚不明确。 通过使用 GPS-YNO2，生成了一个新的描述3-硝基酪氨酸的预测算法以及一组关于人类蛋白质组中消化残留物的语言。 总计，蛋白质组9.27%的组分被预测具有可硝化性 (27 922/301 091)。 通过匹配预测及有针对性的监管和实验验证3-硝基酪氨酸在人类蛋白质中的位点，发现GPS-YNO2能预测73.1%(404/553)的位点。 此外，在那些位点中，42个已经被证明了是内生硝化，其中有85.7%(36/42) 被预测到能硝化。 这论证了使用预测数据库来分析整个蛋白质组的可行性。 |
2楼2015-04-24 09:18:03