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wgfz1979

铜虫 (正式写手)


[交流] 对cif文件中的氢键如何写进去啊?

我看见有些已发表的CIF文件中,有些有氢键的语句,如
loop_
_geom_hbond_atom_site_label_D
_geom_hbond_atom_site_label_H
_geom_hbond_atom_site_label_A
_geom_hbond_distance_DH
_geom_hbond_distance_HA
_geom_hbond_distance_DA
_geom_hbond_angle_DHA
_geom_hbond_site_symmetry_A
O14 H32 O12  0.90(4) 2.03(4) 2.843(5) 149(4) 3_566
C8  H8  O7   0.93    2.54    3.444(5)  164   2_646
C16 H16A O5  0.96   2.51     3.405(4) 155    3_667

我的cif文件,也应该有氢键作用,但是,我照上面写进去,check时总是出现错误,怎么回事呢?难道这些氢键的语不是手工输入而是生成CIF文件时就有 的?
极度困惑中....,哪位高手能帮忙说明一下,先谢谢了!
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Shelly809

铜虫 (正式写手)

用planot生成pub文件
照着pub文件里面给出的氢键的信息,(有时需要判断程序给的氢键信息是否正确)
输入命令
Eqiv
htab
看清上面两命令的意思写到ins文件后运行xl,cif文件即会给出你说的氢键的信息
时间检验一切
5楼2008-07-08 07:10:52
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huahua1216

至尊木虫 (文坛精英)

氢键一般不需要自己写的吧
2楼2008-07-07 17:19:38
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stevenabing

至尊木虫 (正式写手)


wgfz1979(金币+1,VIP+0):谢谢!
氢键一般通过在ins文件中结合eqiv和htab命令产生的,这里只需提供质子给体以及受体原子,而一般默认的给体原子是代码为1555,所以省略了,而受体则提供代码,也就是那个eqiv命令,如下:
EQIV $2 x, 1/2-y, z-1/2
HTAB O1 O2_$2

写好后,xl中运行一下,就会在CIF中发现氢键了,可以看出,氢键是否正确,关键要找对受体的对称代码。
3楼2008-07-07 19:59:57
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zhangwu

新虫 (小有名气)


wgfz1979(金币+1,VIP+0):谢谢
1.在.ins文件中加 HTAB 指令
2.运行 XL
3.打开.lst文件尾部有氢键表
4.按3楼的方法写入.ins文件
5.在运行xl后,cif文件中就有了
4楼2008-07-07 22:50:57
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