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dhxpy

木虫 (正式写手)

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[交流] Toxline Plus 数据库简介及检索方法

一、数据库简介

Siver Platter Information Ltd.出版，系由Amercian Society of Heath-System Pharmacists(ASHP)、Biological Abstracts, Inc(BIOSIS)、Chemical Abstracts Service(CAS)、（瑞典）National Chemicals Inspectorate、U.S. National Library of Medicine五个机构的信息资源创建的庞大数据库，包括化学品、药品、环境、有害废弃物、卫生与安全、卫生科学、毒理学等主题。涉及毒性、毒理学和临床研究的论题有药物不良反应、化学物质与生物系统的相互作用、环境污染、工业医学、职业卫生、废弃物处置、药物评价、中毒、有害物质管理、卫生与安全、时间跨度为1985年至今，现有信息140万条（9张光盘），每年增补17万条，每季度更新。

二、检索方法

同为SilverPlatter Information公司出版，因此检索方法与Medline基本一致，但没有提供主题词检索。

InfoChem（STS及PC-search）数据库简介及检索方法

一、数据库简介

本数据库是由Springer Verlag出品的CD-ROM产品，由前苏联的科技情报研究所（VINITI）和原东德的ZIC收集整理，共有250万个反应，取自1000种国际上重要的化学杂志和专利文献。数据库由两个软件部分组成。其一是含有约41000个核心反应的反应类型数据库，称为ChemReact 41。包括从1975~1991年文献中精选出的各种不同类型的反应，原则上是一种反应类型一个反应实例。反应类型的选取原则是至少有5个以上的同类反应。至少要有一个例子在重要有机化学杂志（56种）中，至少要有一个例子的得率在50%以上，每个反应含有反应式、反应条件、得率和参考文献。它的检索软件名为PC-Search，可进行灵活的分子和反应的子结构检索，并能标记反应中心；还可以进行反应条件检索、关键词检索等。含有250万个单步反应的数据库只是一个可显示的数据库，在用PC-Search检索后，当需要从250万个单步反应数据库中取出数据显示时会自动调用CD-react程序。第二部分为STS（Synthesis Tree Search），用于检索在250万个反应中含有的目标分子，目标分子可以是反应产物，也可以是反应起始物。用户可通过ChemReact 41进行反应类型的检索，再利用InfoChem反应数据库的数据显示所有同一反应类型的具体例子。据称250万个反应中与ChemReact 41有关的约有150万个。用户还可以用STS检索具体的分子结构以在InfoChem CD-ROM中得到相应的合成方法树形图。
InfoChem可提供三种检索功能：子结构检索（SSS）、反应子结构检索（RSS）、数据检索。数据检索通过一个数据填充画面进行，可进行多种常规途径检索，如作者、条件、得率、出版物名等。你可在检索中要求得率的范围，如﹥80，70~90等。这是在书本式的工具书中所没有的。但是真正富有特色的是SSS和RSS检索功能。InfoChem反应数据库的结构提问可以用ISIS/Draw或STN express画出，然后用Windows的剪贴板拷贝到PC-Search进行检索。

二、检索方法

1. 用STS进行检索

特定化合物合成信息的检索是文献检索中常见的需求。Infochem的STS提供这样的功能。STS除了根据结构进行确定结构的检索外，很重要的特点上可以一步步向前推，得到原料化合物的合成，这样步步上推得到一条合成路线，被称为合成方法树形图。这对于找到某一化合物的合成或利用某一化合物为原料的反应非常有帮助，同时，通过逆向上推，可用于设计反应路线。STS进行的是确定结构检索。其过程如下：
1.1 用ISIS/Draw画出目标分子结构，然后用左侧工具栏中（Lasso Select）选择目标结构，然后点击菜单栏中的“Edit/Copy“。

1.2 将ISIS/Draw窗口最小化，进入STS主菜单，点击菜单栏中“Edit/Paste Session Molecule”，粘贴提问结构，出现如下界面：

1.3 单击，即可得到反应树框架。

在上图中，显示了有6个反应可生成目标分子，反应物有12个分子，单击某“Agent”可显示该反应物分子的结构，并出现一新的画面，如下图：

在该画面右下角有三个按钮，单击【Cancel】按钮可返还到上一画面，并把分子结构填充到相应位置；单击【Synthesis】按钮，可把原来是反应物的分子作为合成目标，生成下一层的合成方法树形图。
1.4 单击【Reaction N】可以选择显示命中的反应，出现如下界面：

单击、、可前后移动，选择命中的反应。
1.5 单击进入“CD-react”的“Reaction Display”模式，显示与命中反应有相同反应类型号的其它反应及比较具体的文本信息，如下图：

点击菜单栏上的“DDE-Connect”选择“Back to Client”返回。
检索结果的储存处理:
通常是在“CD-react”的“Reaction Display”模式下进行的。
（1）点击菜单栏上的“Edit”，再点击其下拉菜单上的“Copy Data”把文本信息拷贝到粘贴板上，然后粘贴至word中；
（2）点击菜单栏上的“Edit”，再点击其下拉菜单上的“Copy Diagram”把反应式拷贝到粘贴板上，然后粘贴至附件中的画图程序中，再在画图中拷贝该反应式，再粘贴至word中。
1.6 单击进入“CD-react”的“Reaction Display”模式，显示与命中反应同一篇文献的其它反应及比较具体的文本信息，点击菜单栏上的“DDE-Connect”返回。
1.7 单击进入“CD-react”的“Reaction Display”模式，显示命中反应的比较具体的文本信息，点击菜单栏上的“DDE-Connect”返回。
1.8 单击返回反应树，如果选中某一反应，并想进一步了解反应物的合成，请点击合成树中相应的反应物框，此时，进入这一反应物的提问框，点击，即可得到这一化合物的合成树框架。单击按列显示反应层次，点击菜单上“Control Tree”，点击其下拉菜单中的“Select tree”，在对话框中输入数字，可控制到显示某一级的合成树。
1.9 点击菜单上的“File”，点击其下拉菜单中的“New session”进入一次新的检索。
1.10 点击菜单上的“File”，点击其下拉菜单中的“End”，退出STS程序。

上面的过程是提问分子制备的例子，同样还可以把这一提问分子作为反应物来检索，可以了解这一分子在有机合成中的作用。只需在步骤2所示的提问框中点击就可得到以提问分子为出发点的合成。

2. 用PC-Search进行检索

2.1 通过子结构检索查找具有某种结构类型化合物的反应
举例说明其使用过程：
a) 用ISIS/Draw画目标分子结构，然后用左侧工具栏中（Lasso Select）选择目标结构，点击菜单栏上的“Edit”, 再点击其下拉菜单上的“Copy”。

b) 将ISIS/Draw窗口最小化，调用PC Search，点菜单栏上的“Edit”下拉菜单上的“Paste Query”或单击，出现如下界面。（如果出现“No Reaction number in clipboard”表示画的结构在数据库中没有相匹配的记录，你可以适当简化结构进一步检索。）

c) 单击或用菜单栏上的“Search”下拉菜单上的“Start SSS”开始提问分子的子结构检索

d) 用菜单栏上的“SSS role”限定检索结果，即提问结构是作为反应物、产物、试剂、催化剂等。选择“SSS role”下拉菜单中的“View Substructure as Products”即显示反应产物中包含提问分子子结构的反应。

e) 在菜单栏的“Export”下拉菜单上选择“Reaction to CD-React”，进入“CD-react”的“Reaction Display”模式，显示命中反应的比较具体的文本信息，点击菜单栏上的“DDE-Connect”返回。
f) 在菜单栏的“Export”下拉菜单上选择“Reaction Type to CD-React”, 进入“CD-react”的“Reaction Display”模式，显示与命中反应有相同反应类型号的其它反应及比较具体的文本信息，点击菜单栏上的“DDE-Connect”返回。
g) 在菜单栏的“Export”下拉菜单上选择“Document to CD-React” 进入“CD-react”的“Reaction Display”模式，显示与命中反应同一篇文献的其它反应及比较具体的文本信息，点击菜单栏上的“DDE-Connect”返回。
检索结果的储存处理：
不管是在PC Search的反应显示还是在CD-react的反应显示中，均可用“Edit”菜单下的拷贝功能把反应图和文本信息粘贴到Word文件中，步骤如下：
（1）点击菜单栏上的“Edit”，再点击其下拉菜单中的“Copy Data”把文本信息拷贝到粘贴板上，然后粘贴至word中。
（2）点击菜单栏上的“Edit”，再点击其下拉菜单中的“Copy Diagram”把反应式拷贝到粘贴板上，然后粘贴至附件中的画图中，再在画图中拷贝该反应式，再粘贴至word中。

h) 点击菜单上的“File”，点击其下拉菜单中的“End Display-Reset query”，退出PC Search程序。

2.2 子结构检索时的提问编辑

上述只是一个简单的通过子结构检索查找反应类型的例子。由于是子结构检索，查到的机会多，结果准确性差，只能逐个反应浏览，以发现是否需要。为提高检索精度则要利用提问编辑功能。仍以上述画的为例说明提问编辑的作用。
a) 用ISIS/Draw画目标分子结构，然后用左侧工具栏中（Lasso Select）选择目标结构，点击菜单栏中的“Edit”，再点击其下拉菜单中的“Copy”。
b) 最小化ISIS/Draw窗口，调用PC-Search，点菜单栏上的“Edit”下拉菜单中的“Paste Query”，进入SSS Query框，引入提问结构。
c) 点击菜单栏上的“Edit”，再点击其下拉菜单中的“Edit Query”，进入提问编辑状态。对于物质子结构检索可以对分子中的原子和键进行定义，并可以引入氢原子，以限制这一部位的反应进行。如“Edit”下拉菜单所示：

d) 本例中如果选择“Set Open/Closed Structure”，再在提问结构上点击一次，就把所有位置上的空余价键用氢补上，如下图：

此时实际进行的是确定结构的检索。但在PC Search中，确定结构命中的机会较少。如本例中上述限定结构未检索到。
现选择“Add Hydrogen to Atom”，在例中的苯环上未取代位置都点击一次，加上一个氢，这样检出的结果就只是苯环上没有取代的二元羧酸衍生物。如：

然后点击菜单栏上“File”下拉菜单中的“Exit Query-edit”返回PC Seacrh检索界面。
e) 用“SSS role”限定检索结果，选择“View substructure as Reactant”即显示反应物中包含苯环上没有其它取代的提问分子子结构的反应。
f) 以下操作同前述2.1 e)－h)。

2.3 反应子结构检索

现举一个二元酮的一个羰基还原成羟基的反应检索的例子。
a) 先用ISIS/Draw 画出反应，并粘贴到PC Search.。

b) 点击“Search/Start SSS”，进行反应子结构检索，得到17个反应。
c) 以下操作同前述2.1 d)－h)。

2.4 编辑反应提问

2.4.1定义键
上例有17个结果，实际上有许多结果不是预期的，如果我们通过提问编辑方式把键定义为链键，就只有1个反应。
a) 先用ISIS/Draw 画出反应，并粘贴到PC Search.。
b) 点击“Edit/Edit Query”进入提问编辑状态。
c) 点击“Edit/Mark/Unmark Chain bond/atom”，再点击需要定义为链键的键，这是被定义的键显示标记字符“q”，表示键已经被定义。不管是定义什么键（芳香、环、链键），只要被定义过，就有这一标记显示。
d) 点击“File/Exit Query-edit”返回PC Search 检索界面。
e) 点击“Search/Start RSS”，进行反应子结构检索，得到1个反应。
f) 以下操作同前述2.1 d)－h)。

2.4.2 定义反应中心和综合定义
对于反应子结构检索除了如上述的对原子和键的定义外，还可以对反应中心进行定义。定义反应中心和使用原子匹配可比较确切地找到所需的反应，与反应有关的定义还有：

定义反应中心即是反应物中要求起变化的原子和键，定义非反应中心就是在反应中这些部位不能发生变化，定义原子匹配要求反应物和产物中的这几原子必须完全匹配，原子匹配只限于定义为反应中心的原子，也就是说这部位在反应中有变化，但是反应物和产物中这些定义部位的原子没有变化。

这是一个链羧酸的反应，要求只是羧基的α-位起反应，其检索和定义过程如下：
a) 先用ISIS/Draw画出反应，并粘贴到PC search。
b) 点击“Edit/Edit Query”进入提问编辑状态。
c) 点击“Edit/Mark/Unmark Chain bond/atom”把反应物和产物的三个键定义为链键，被定义的键显示标记字符“q”。
d) 点击“Add Hydrogen to Atom”，再点击反应物和产物的羧酸羟基氧，在上面加氢，这就确保无论是反应物还是产物的单键氧是羟基，排除了这一羧基的酯化反应。点击反应物的碳原子，使α位、β位的碳上都有二个氢，点击产物的β位的碳原子，使之有二个氢。这意味着α位的氢可能会有变化。
e) 点击“Mark/Unmark Reaction Center Bond/Atom”，再点击反应物和产物的α位碳原子，把它定义为反应中心。
f) 点击“File/Exit Query-edit”返回PC search检索界面，检出三个反应。如果不作反应中心的定义，结果就多很多。因为从反应子结构检索的角度看，只要反应物和产物中均有满足条件的子结构，而不管α位有无变化，都算命中。
g) 点击“Search/Start SSS”，进行反应子结构检索。
h) 以下操作同前述2.1 d)－h)。

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