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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 序列测序后，前后几个碱基峰图对应的比较乱（中间的是比较好），分析时用去掉吗？
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18299093361

新虫 (初入文坛)

[求助] 序列测序后，前后几个碱基峰图对应的比较乱（中间的是比较好），分析时用去掉吗？ 已有3人参与

序列测序之后，前面几个碱基和后面几个碱基峰图对应的比较乱（但是中间的是比较好的），做系统发育树和单倍型分析时，是不是要把前、后乱的峰图对应的碱基去掉呢？
如果要去掉的话用什么软件比较方便呢（样本量比较大，一个一个去掉太麻烦了）？
求大神指点~
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1楼 2015-04-19 12:01:04
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18299093361

新虫 (初入文坛)
没有人回答啊？？？
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2楼2015-04-28 17:02:37
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WQS1991

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
18299093361: 金币+3, ★有帮助 2015-04-30 14:16:55
我记得直接去掉15个左右的碱基。
我是用ITS引物验证的，不知道跟楼主这个有没有可比性，忘记是为啥要去掉了……
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3楼2015-04-28 22:04:16
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18299093361

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by WQS1991 at 2015-04-28 22:04:16
我记得直接去掉15个左右的碱基。
我是用ITS引物验证的，不知道跟楼主这个有没有可比性，忘记是为啥要去掉了……

我前后去掉大概40个碱基。把碱基去掉有没有统一的标准啊？
我也需要做ITS引物，可是ITS极个别碱基有套峰怎么做系统发育树啊？
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4楼2015-04-29 12:28:07
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18299093361

新虫 (初入文坛)
自己顶一下。。。
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5楼2015-05-01 18:16:39
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WQS1991

银虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 18299093361 at 2015-04-29 12:28:07
我前后去掉大概40个碱基。把碱基去掉有没有统一的标准啊？
我也需要做ITS引物，可是ITS极个别碱基有套峰怎么做系统发育树啊？...

系统发育树我不懂，分子生物学是小白啊。到底去掉多少个也没个标准吧，我问过实验室的师兄了，他们就说前后测出来的结果不准，杂峰，去掉就行了。
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6楼2015-05-03 21:39:27
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18299093361

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by WQS1991 at 2015-05-03 21:39:27
系统发育树我不懂，分子生物学是小白啊。到底去掉多少个也没个标准吧，我问过实验室的师兄了，他们就说前后测出来的结果不准，杂峰，去掉就行了。...

哦，这样子啊，谢谢您啦~
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7楼2015-05-04 01:59:06
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WQS1991

银虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 18299093361 at 2015-05-04 01:59:06
哦，这样子啊，谢谢您啦~...

不客气哈！有问题多交流
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8楼2015-05-04 16:56:47
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匿名

荣誉版主 (知名作家)

优秀版主
★ ★
晞朔: 回帖置顶 2015-05-04 19:56:02
18299093361: 金币+2 2015-05-05 00:54:20
本帖仅楼主可见
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9楼2015-05-04 18:15:10
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nemo88

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
10楼2015-05-04 19:42:10
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