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18299093361

新虫 (初入文坛)

[求助] 序列测序后,前后几个碱基峰图对应的比较乱(中间的是比较好),分析时用去掉吗? 已有3人参与

序列测序之后,前面几个碱基和后面几个碱基峰图对应的比较乱(但是中间的是比较好的),做系统发育树和单倍型分析时,是不是要把前、后乱的峰图对应的碱基去掉呢?
如果要去掉的话用什么软件比较方便呢(样本量比较大,一个一个去掉太麻烦了)?
求大神指点~
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18299093361

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
9楼: Originally posted by ejdwwb at 2015-05-04 18:15:10
MEGA6可以对很多序列进行比对,比对后可以把两段配对不好的序列删掉。这样做出来的进化树才更有可信度。

请问一段序列极个别碱基有套峰的怎么比对呀,是用什么字母来代替吗?不识别怎么办,卡住了?
11楼2015-05-05 00:53:09
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18299093361

新虫 (初入文坛)

没有人回答啊???
2楼2015-04-28 17:02:37
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WQS1991

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
18299093361: 金币+3, 有帮助 2015-04-30 14:16:55
我记得直接去掉15个左右的碱基。
我是用ITS引物验证的,不知道跟楼主这个有没有可比性,忘记是为啥要去掉了……
3楼2015-04-28 22:04:16
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18299093361

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by WQS1991 at 2015-04-28 22:04:16
我记得直接去掉15个左右的碱基。
我是用ITS引物验证的,不知道跟楼主这个有没有可比性,忘记是为啥要去掉了……

我前后去掉大概40个碱基。把碱基去掉有没有统一的标准啊?
我也需要做ITS引物,可是ITS极个别碱基有套峰怎么做系统发育树啊?
4楼2015-04-29 12:28:07
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