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雪狼乖乖

木虫 (正式写手)

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专业: 理论和计算化学

[交流] 【chemoffice】Chem3D格式使用心得

这是一个三维分子结构演示软件，上面有和Gaussian的链接，可以直接从
Chem3D打开Gaussian运算，本身也带有分子力场计算功能，还可以和Mopac
链接
可以打开的文件主要有以下几种：
*.gjf,*.fch,*.cub,这几种是Gaussian的输入、formcheck和cube文件
*.dat,*.mop,*.mpc,mopac的输入文件
*.zmt,这个是内坐标格式的分子构型文件，和HyperChem、mopac通用
*.pdb,*.ent,Protein DB格式，和HyperChem、AlChem等等通用，Gaussian
本身也可以用这两种格式来生成内坐标文件
*.mol,MDL的mol格式，和HyperChem稍微有点不兼容，但是如果用AlChem打开
在保存一下（仍然是*.mol），Chem3D和HyperChem都可以打开了

最有用的可能是*.zmt,*.mol,*.gjf,*.fch四种格式
比如用Gaussian优化以后，在Ultilities选项里面选formcheck，就可以吧
check文件*.chk转化成*.fch，而*.fch是可以直接用Chem3D打开的
*.zmt是一内坐标的分子结构文件，我这里有个小软件可以把这种格式的文件
转换成*.gjf，是Gaussian的分子内坐标文件，但没有route section等等

Chem3D除了生成Gaussian输入文件以外，还有许多不错的功能
比如可以手动地转动某一个键，可以用鼠标显示某个键长，键角和二面角等
地大小，等等，还可以显示所以内坐标
显示也有各种模型方式，比如球棍、stick等等，可以显示原子编号原子名称
但是没有GaussView和HyperChem以及AlChem，WinMopac等等漂亮
（大家觉得好就顶一下）:cool:

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