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yijun0516铜虫 (小有名气)
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[交流]
用Amorphous模拟退火过程总出错
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我用Amorphous构建周期性Cell时，初始温度设定为300K，密度设定为2.086。构建Cell后，在out文件末尾发现下面的Dynamics Summary； Dynamics Summary ________________ Initial Final Average Std. Dev. ------- ----- ------- --------- Tot. energy (kcal/mol) -1799.093 -1798.979 -1798.979 0.000 Pot. energy (kcal/mol) -2357.731 -2347.161 -2347.161 0.000 Kin. energy (kcal/mol) 558.637 548.182 548.182 0.000 Temperature (K) 300.000 294.385 294.385 0.000 Pressure (GPa) 1.477358 1.473370 1.473370 0.000000 Volume (A^3) 8307.211 8307.211 8307.211 0.000 Density (gm/cm^3) 2.0860 2.0860 2.0860 0.0000 接着对Cell进行NPT计算(300K,0.5GPa,5ps)，out文件显示如下： Dynamics Summary ________________ Initial Final Average Std. Dev. ------- ----- ------- --------- Tot. energy (kcal/mol) -1782.061 -1376.513 -1421.284 79.119 Pot. energy (kcal/mol) -2340.698 -1919.642 -1949.919 37.007 Kin. energy (kcal/mol) 558.637 543.129 528.635 48.841 Temperature (K) 300.000 291.672 283.888 26.229 Pressure (GPa) 1.346543 0.506556 0.499071 0.034777 Volume (A^3) 8307.211 8168.441 8382.077 125.237 Density (gm/cm^3) 2.0860 2.1214 2.0678 0.0307 然后又用Amorphous中的Basic refine protocol进行了一次NVT优化(300K,5ps),out文件显示如下： Dynamics Summary ________________ Initial Final Average Std. Dev. ------- ----- ------- --------- Tot. energy (kcal/mol) -2004.850 -1754.418 -1750.251 20.861 Pot. energy (kcal/mol) -2377.275 -2137.110 -2123.134 21.337 Kin. energy (kcal/mol) 372.425 382.692 372.883 5.891 Temperature (K) 300.000 308.270 300.369 4.746 Pressure (GPa) 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 Volume (A^3) 8514.758 8514.758 8514.758 0.000 Density (gm/cm^3) 2.0351 2.0351 2.0351 0.0000 接着又用Amorphous中的Temperature cycle protocol模拟退火处理，使体系的结构松弛，参数设定：0.05GPa，300—500K，5个stages,5ps,starting temperature 300K,average period 100fs,2 cycles,结果出现Error： Dynamics: Energy difference between successive steps in dynamics is greater than the user defined variable DEVIATION, 5000.000。 请问这究竟是怎么回事?恳请走过路过的各位大侠指导指导！在此先行谢过啦！  |
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acridine
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