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yijun0516

铜虫 (小有名气)

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专业: 高分子材料与环境

[交流] 用Amorphous模拟退火过程总出错

我用Amorphous构建周期性Cell时，初始温度设定为300K，密度设定为2.086。构建Cell后，在out文件末尾发现下面的Dynamics Summary；
Dynamics Summary
________________

      Initial       Final    Average Std. Dev.
      -------       -----    ------- ---------

Tot. energy (kcal/mol) -1799.093 -1798.979 -1798.979       0.000
Pot. energy (kcal/mol) -2357.731 -2347.161 -2347.161       0.000
Kin. energy (kcal/mol)    558.637    548.182    548.182       0.000
Temperature (K)          300.000    294.385    294.385       0.000
Pressure (GPa)          1.477358    1.473370    1.473370    0.000000
Volume (A^3)             8307.211    8307.211    8307.211       0.000
Density (gm/cm^3)          2.0860    2.0860    2.0860    0.0000
接着对Cell进行NPT计算(300K,0.5GPa,5ps)，out文件显示如下：
Dynamics Summary
________________

      Initial       Final    Average Std. Dev.
      -------       -----    ------- ---------

Tot. energy (kcal/mol) -1782.061 -1376.513 -1421.284    79.119
Pot. energy (kcal/mol) -2340.698 -1919.642 -1949.919    37.007
Kin. energy (kcal/mol)    558.637    543.129    528.635    48.841
Temperature (K)          300.000    291.672    283.888    26.229
Pressure (GPa)          1.346543    0.506556    0.499071    0.034777
Volume (A^3)             8307.211    8168.441    8382.077    125.237
Density (gm/cm^3)          2.0860    2.1214    2.0678    0.0307
然后又用Amorphous中的Basic refine protocol进行了一次NVT优化(300K,5ps),out文件显示如下：
Dynamics Summary
________________

      Initial       Final    Average Std. Dev.
      -------       -----    ------- ---------

Tot. energy (kcal/mol) -2004.850 -1754.418 -1750.251    20.861
Pot. energy (kcal/mol) -2377.275 -2137.110 -2123.134    21.337
Kin. energy (kcal/mol)    372.425    382.692    372.883       5.891
Temperature (K)          300.000    308.270    300.369       4.746
Pressure (GPa)          0.000000    0.000000    0.000000    0.000000
Volume (A^3)             8514.758    8514.758    8514.758       0.000
Density (gm/cm^3)          2.0351    2.0351    2.0351    0.0000
接着又用Amorphous中的Temperature cycle protocol模拟退火处理，使体系的结构松弛，参数设定：0.05GPa，300—500K，5个stages,5ps,starting temperature 300K,average period 100fs,2 cycles,结果出现Error： Dynamics: Energy difference between successive steps in dynamics is greater than the user defined variable DEVIATION, 5000.000。
请问这究竟是怎么回事?恳请走过路过的各位大侠指导指导！在此先行谢过啦！

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1楼 2008-07-03 20:34:49

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acridine

木虫 (正式写手)

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专业: 凝聚态物性 II ：电子结构

错误的意思是：计算得到能量浮动过大，大于设定的DEVIATION值。
那么原因无非是设定的DEVIATION值过小，或者结构远离平衡态导致能量变化大，但是你之前应该已经用同样的力场跑过动力学了，不像是结构的问题，但还是检查一下初始结构，或再加大一下DEVIATION参数试试

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2楼2008-07-03 22:57:37

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