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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 如果系统发育树所有的bootstrap几乎都是100（除了一个为99），说明什么问题？
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ariesmz

铜虫 (小有名气)

[求助] 如果系统发育树所有的bootstrap几乎都是100（除了一个为99），说明什么问题？ 已有1人参与

审稿中遇到一棵树，都是一个属的真菌做的一棵树，上面一共10个菌株，bootstrap几乎都是100（除了一个为99），说明什么问题？从没遇到过此类情况可能吗？
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1楼 2015-04-13 11:27:26
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
ariesmz(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-04-13 19:39:12
说明作者挑选的序列相似性很高，这些菌亲缘关系比较接近。可能是作者那目标序列去blast，然后挑选相似性最高的做进化树。
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ariesmz
2楼2015-04-13 12:50:37
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ariesmz

铜虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by liuderong at 2015-04-13 12:50:37
说明作者挑选的序列相似性很高，这些菌亲缘关系比较接近。可能是作者那目标序列去blast，然后挑选相似性最高的做进化树。

谢谢！那么说这样也是可以的了？
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3楼2015-04-13 14:11:18
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by ariesmz at 2015-04-13 14:11:18
谢谢！那么说这样也是可以的了？...

我觉得作者的结果应该没有什么问题，这样的确可以说明目标物种属于某个属。但我建议构建进化树时要同时带上一些其他属的物种，这样一方面能说明物种归入某个属，另一方面也说明物种不归入其他属，这样一正一反更能说明问题。这里的作者只呈现了其中一个方面内容。
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4楼2015-04-13 15:25:59
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