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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 【求助】关于amber 里好像是加氢出错的
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jissrain

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】关于amber 里好像是加氢出错的

我是一个新手
在做参数的时候
saveamberparm   prmtop文件和inpcrd文件  
时check的两个错误
第一个是总电荷不为零
（这个我也不会解决）
第二个如下
FATAL:  Atom  .R.A does not have a type
FATAL:  Atom  .R.A does not have a type
FATAL:  Atom  .R.A does not have a type
FATAL:  Atom  .R.A does not have a type
FATAL:  Atom  .R.A does not have a type
………………………………
出错的全部是ASP和 LYS
分别是H13 13  和H23 23
个人觉得是不是说氢的类型不对啊
可是我的pdb是没有氢的 xleap应该是自己加的啊
希望大家可以帮助我 万分感谢
新手上路 金币不多 聊表感谢
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对不起，我不是个好孩子
1楼 2008-07-02 23:31:41
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jissrain

金虫 (小有名气)
写错了 电荷不是整数 已经加入中和离子了
赞一下 回复此楼
对不起，我不是个好孩子
2楼2008-07-03 08:52:19
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tecpenguin

铁虫 (初入文坛)
★
jissrain(金币+1,VIP+0):谢谢 是系统的错误
换个工具试试
回复此楼
苦干巧干，多动脑筋，坚持原则，掌握灵活，宽以待人，严于律己，广交朋友，不要吝啬
3楼2008-07-03 17:18:54
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