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PHARMACEUTICAL DATA MINING---Approaches and Applications for Drug Discovery
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 PART I DATA MINING IN THE PHARMACEUTICAL INDUSTRY: A GENERAL OVERVIEW 1 1 A History of the Development of Data Mining in Pharmaceutical Research 3 David J. Livingstone and John Bradshaw 2 Drug Gold and Data Dragons: Myths and Realities of Data Mining in the Pharmaceutical Industry 25 Barry Robson and Andy Vaithiligam 3 Application of Data Mining Algorithms in Pharmaceutical Research and Development 87 Konstantin V. Balakin and Nikolay P. Savchuk PART II CHEMOINFORMATICS-BASED APPLICATIONS 113 4 Data Mining Approaches for Compound Selection and Iterative Screening 115 Martin Vogt and Jürgen Bajorathvi CONTENTS 5 Prediction of Toxic Effects of Pharmaceutical Agents 145 Andreas Maunz and Christoph Helma 6 Chemogenomics-Based Design of GPCR-Targeted Libraries Using Data Mining Techniques 175 Konstantin V. Balakin and Elena V. Bovina 7 Mining High-Throughput Screening Data by Novel Knowledge-Based Optimization Analysis 205 S. Frank Yan, Frederick J. King, Sumit K. Chanda, Jeremy S. Caldwell, Elizabeth A. Winzeler, and Yingyao Zhou PART III BIOINFORMATICS-BASED APPLICATIONS 235 8 Mining DNA Microarray Gene Expression Data 237 Paolo Magni 9 Bioinformatics Approaches for Analysis of Protein–Ligand Interactions 267 Munazah Andrabi, Chioko Nagao, Kenji Mizuguchi, and Shandar Ahmad 10 Analysis of Toxicogenomic Databases 301 Lyle D. Burgoon 11 Bridging the Pharmaceutical Shortfall: Informatics Approaches to the Discovery of Vaccines, Antigens, Epitopes, and Adjuvants 317 Matthew N. Davies and Darren R. Flower PART IV DATA MINING METHODS IN CLINICAL DEVELOPMENT 339 12 Data Mining in Pharmacovigilance 341 Manfred Hauben and Andrew Bate 13 Data Mining Methods as Tools for Predicting Individual Drug Response 379 Audrey Sabbagh and Pierre Darlu 14 Data Mining Methods in Pharmaceutical Formulation 401 Raymond C. Rowe and Elizabeth A Colbourn PART V DATA MINING ALGORITHMS AND TECHNOLOGIES 423 15 Dimensionality Reduction Techniques for Pharmaceutical Data Mining 425 Igor V. Pletnev, Yan A. Ivanenkov, and Alexey V. TarasovCONTENTS vii 16 Advanced Artifi cial Intelligence Methods Used in the Design of Pharmaceutical Agents 457 Yan A. Ivanenkov and Ludmila M. Khandarova 17 Databases for Chemical and Biological Information 491 Tudor I. Oprea, Liliana Ostopovici-Halip, and Ramona Rad-Curpan 18 Mining Chemical Structural Information from the Literature 521 |
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